患者就诊时间延迟，或者治疗方法不够得当，则出现遗留并发症和后遗症。常见的后遗症主要有智力障碍、癫痫和脑积水等。这些后遗症重在预防，一旦发生之后，则治疗上并没有特别有效的治疗方法。
一般情况下，化脓性脑炎又称化脓性脑膜炎，是一种比较常见的脑感染病，常见的症状有发烧、头疼、神志不清等症状，不及时处理，会有生命危险，留下一些后遗症。因此一旦确诊，应选用敏感的抗生素，若病因不明，可用广谱的抗生素进行治疗，如阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒、头孢地尼片等。如果症状比较严重，可以口服降颅压、抗癫痫等药物，如卡马西平片、丙戊酸钠片、拉莫三嗪片等，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
在治疗急性化脓性脊膜炎时，需要给予足够的抗生素，同时还要进行血液培养，以便发现致病细菌，选择适当的抗生素。
对于大型的椎旁脓肿，需要做引流术，病人的腰侧固定可以减轻痛苦和促进组织的恢复，同时还可以采用全身性的营养支持治疗。经皮下注射或留置导液导管，治疗脊柱间隙有无炎症的病人，手术方式有两种，一种是脊椎减压，另一种是病变的清除。
化脓性扁桃体炎需要抗炎、抗感染治疗，因为扁桃体已成为脓性、脓栓等表现，此时要用足量的抗生素治疗，如果伴随有扁桃体周围脓肿的，需要做切开引流治疗，配合抗生素治疗，如果出现憋喘，需加用激素类的药物。
化脓性前列腺炎主要是由大肠杆菌等革兰阴性杆菌所引起的，少数由金黄色葡萄球菌等革兰阳性球菌引起。严重影响男性健康、生活和生育，所以要重视，及时治疗。要及时去医院做详细检查，并且要使用药物治疗的方式治疗。多注意一下自己是生活习惯，坚持用40-43℃的温开水坐浴。
化脓性脑膜炎的治疗首先是抗生素的治疗。化脓性脑膜炎预后比较严重，力求在24小时之内杀灭脑积液中的致病菌，选择对病原体比较敏感的，并且通过血脑屏障通透性比较高的药物。