手指甲上有小坑多考虑有真菌感染，继续发展下去，指甲会出现灰指甲等真菌性甲藓。可以外用药，有脚气的话，早点治疗脚气，避免用手指甲接触有脚气的脚。避免吃辛辣油腻刺激性食物，不要吃海鲜和牛羊肉。
手指甲有针眼状小坑可能与缺乏维生素、甲癣等原因有关，建议对症治疗。具体分析如下：
1.缺乏维生素：如果手指甲缺乏维生素，甲床营养不良，可能会出现针眼状小坑，同时还可能伴有指甲变厚、甲床分离等情况。建议平时可以多吃鱼、虾、牛奶、胡萝卜等食物来改善症状。
2.甲癣：甲癣是皮肤癣菌侵犯甲板及甲下而引起的疾病，一般表现为甲增厚、甲质松碎、刺激性小坑等。建议患者可以通过激光治疗使用激光照射在局部，通常对病原菌有一定的抑制作用，能够改善症状。
指甲出现凹陷小坑通常是饮食不均衡和缺乏微量元素引起的。需要查一下微量元素和维生素d，注意有没有缺锌贫血和缺维生素。平时注意不要偏食，多吃蔬菜水果。多吃点新鲜的水果蔬菜，不能偏食。
手指盖上有许多小坑最可能的原因是最近你钙的吸收不好，注意补钙，同时注意维生素d是帮助钙质吸收的必要元素，多晒太阳会产生多一点黑色素，促进d的形成吸收。补钙不能一次性完事，要循序渐进的进行规律的生活。
平时饮食不均衡或者营养不良引起缺锌一系列的表现，平时均衡饮食，不要挑食，增加营养多吃鱼虾牛奶，海带等食品同时服用保健品比如葡萄糖酸锌，规律生活，注意休息，避免疲劳就可以了。
指甲上有小坑是典型的灰指甲的前期病症，因为灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。可以由用热水泡一下，要等待新指甲长出之后，就会消失。如果状况较重，是需要进行药物治疗。