扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，由于长期阻塞，分泌物引流不畅，干酪样物积聚，导致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而形成结石，小结石可用无菌刮匙或者钳子挖出，而大结石则需在表面麻醉下切开黏膜取出。
扁桃体结石分为保守治疗和手术治疗，对于一些较顽固的扁桃体结石不应该用保守治疗，可以考虑进行扁桃体切除手术，以消除口臭以及咽部不适。保守治疗有时不能将已有的结石完全消除，存在复发的几率，直接进行扁桃体切除手术可以使扁桃体结石治好。
如果结石比较少，也比较小，有咽部异物不适感，或常有气味臭的颗粒样物咳出，可到耳鼻咽喉科，让专业医生取出。如果扁桃体结石比较大，并经常性出现，或由于扁桃体结石存在，引起慢性扁桃体炎反复急性发作，需要行扁桃体切除手术治疗。
小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。
扁桃体结石是会引起口臭的，扁桃体结石患者会有明显的咽部不适、咽部异物感、咽痛等症状，同时会有口腔异味。查体时可见扁桃体隐窝内、扁桃体表面有散在的、灰白色、石灰粒样异物附着，扁桃体刮匙可使结石刮掉，但结石会持续的出现。