人类乳头瘤病毒的药物一般分为外用药物和内服药物。
1、外用药物：人类乳头瘤病毒的患者可以在医生指导下外用鬼臼毒素酊，咪喹莫特乳膏，氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗。
2、口服药物：人类乳头瘤病毒混者可以遵医嘱服用清热解毒片、苦参片、阿昔洛韦片、利巴韦林片等药物进行抗病毒治疗。
人类乳头瘤病毒感染属于病毒感染的情况。如果出现在皮肤表面，属于寻常疣；如果是出现生殖器或口腔等位置，则属于性病的一种。人类乳头瘤病毒感染需要引起重视，进一步到皮肤科处理，以免诱发疣体变大增多等问题。
保妇康栓对人乳头瘤病毒转阴有一定的作用，保妇康栓是中药，就是清热解毒、活血化瘀。人乳头瘤病毒感染从中医的角度来讲就属于邪毒感染，使用保妇康栓正好对症。但是保妇康栓对于人乳头瘤病毒感染只是起到一种辅助的治疗作用，连续使用3到6个月。
使用保妇康栓正好对症，但是保妇康栓对于人乳头瘤病毒感染只是起到一种辅助的治疗作用，临床中多配合干扰素进行治疗，干扰素与保妇康栓隔日交替使用，连续使用3到6个月。
之前有过不洁性接触，故不排除尖锐湿疣的可能，建议尽早去医院检查，明确病因后再对症治疗。尖锐湿疣属于性传播疾病，生活当中不会感染通过不洁性接触，亲密接触，没有防护措施发生性关系才有可能会感染的。有条件的情况下去医院的泌尿外科检查。
乳头瘤病毒39型阳性，说明感染了；目前没有特效的抗病毒药物，治疗必须采用综合治疗。提高机体免疫力，应用抗病药物。一般只要坚持规则的综合治疗都可治。还有手术疗法、冷冻疗法、激光治疗、电灼治疗、微波治疗、微波手术治疗等。
