副作用报告最多的是胃肠道的不良事件，发生率多于1%的有拉稀、肚子疼、碰伤、头痛，转氨酶升高，鼻炎，皮疹等，大部分可以耐受，出现上述反应，暂时停药。伊曲康唑主要用于外阴阴道炎，花斑癣、脚气病、真菌性角膜炎和口腔念珠菌病。
伊曲康唑胶囊治疗灰指甲每天喝4粒，分两次服用，一次喝两粒，最好在饭后服用，灰指甲是由于真菌的感染导致的，灰指甲是会传染的，一定要做好隔离的准备，洗脚的时候千万不要跟家里人同样一个洗脚盆，同时毛巾也要分开，各自用各的毛巾。
副作用主要是胃肠道不适，比如厌食、吃不下饭或者恶心、肚子疼，还有可能会出现便秘，如果持续用药超过1个月，有可能这些症状都会出现。如果出现厌食、恶心、呕吐或者尿液变深，都要检查肝功，如果肝功不正常，可以停药。
对于有霉菌性阴道炎的女性，如果反复发作，通常在使用阴道上药的同时，还应该口服抗真菌的药物，来进行全身给药治疗，这时就可以考虑服用这种药物。两种服药方法，可以只服药一天，但必须服用两次，每次服用200毫克，而且要在饭后半小时以上才能够吃药。
伊曲康唑是治疗慢性前列腺炎的首选药物。大多数慢性前列腺炎都是由细菌感染引起的，伊曲康唑的主要作用是治疗霉菌，但如果治疗方向不对，那么可能起不到作用。慢性前列腺炎需要进行前列腺液培养，确定是否存在致病菌，再选择敏感抗菌素。罗红霉素和多西环素是慢性前列腺炎常用的药物。前列舒通、酆清片等中成药都是清热解毒的。平时要多喝水，不能久坐，要有温水坐浴，要有规律的排精。
虽然在伊曲康唑胶囊的药品说明书上没有规定服用后不能喝酒，但是患者朋友最好还是不要在服药后喝酒，因为有增加肝损害的可能。同时用药期间保持饮食清淡，戒烟戒酒，不要食用辛辣等刺激的食物。