目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。只要子宫内膜出现在子宫腔以外其他的部位都可以称之为子宫内膜异位症。子宫内膜异位症的常见症状就是一个不孕的问题，子宫内膜异位症和不孕是一个非常对立的问题，就是说子宫内膜异位症很容易导致不孕。如果妊娠，本身对子宫内膜异位症又是一个非常好的治疗，它非常对立。
两边都有聪明的囊肿。如果卵子正常，排卵正常，可以自然受孕。如果有双侧巧克力囊肿并且长期未怀孕，做腹腔镜治疗。腹腔可以疏通输卵管，治疗囊肿，二级以上公立医院都有腹腔镜检查，治疗效果良好。可以通过手术治好，也可以有孩子。
巧囊穿刺时是需要麻醉的，不会有疼痛的，既然有疼痛感，都是可以能忍受的。需要注意休息，避免劳累，保持良好的心情和充足的睡眠，要注意个人卫生，穿刺前是需要禁止性生活的。
单侧巧囊肿会影响怀孕，但不会导致不孕，所以单侧的巧囊仍然是有自然受孕的可能的，除了看巧囊是单侧卵巢还是双侧卵巢，还需要看巧囊的大小，巧囊越大，对怀孕的影响可能越大，巧囊越小，对怀孕的影响会越小。
做了巧囊手术盆腔黏连最常见的症状是反复下腹部的疼痛，并且会在性生活和月经期的时候加重。常常是由于盆腔的慢性炎症导致渗出增多，使组织黏连，或者是由于盆腔的结核使组织黏连。
