一般情况下，小儿原发性脑干损伤要做的检查有：颅脑CT和MRI检查、脑干听觉诱发电位检查和X线检查等。具体内容如下：
1.颅脑CT和MRI检查：小儿原发性脑干损伤要做颅脑CT和MRI检查，可以检查出脑干部位的挫伤及肿胀变化。
2.脑干听觉诱发电位检查：小儿原发性脑干损伤要做脑干听觉诱发电位检查，通过波形的波幅和潜伏期可以较准确地反映脑干损伤的平面及程度。
3.X线检查：小儿原发性脑干损伤要做X线检查，以便明确后颅窝骨折、高位颈椎骨折的情况，有助于脑干损伤的诊断。
一般情况下，小儿原发性脑干损伤可能是外伤、颈椎病变等原因引起的。
1、外伤：由坠落伤或较重的挤压、撞击伤所致，头部的钝性暴力可导致脑干直接撞击天幕游离缘，引起脑干挫伤、牵拉和扭转。
2、颈椎病变：小儿原发性脑干损伤可能是颈椎过伸或过屈导致下脑干或上颈髓的部分或完全撕裂伤导致的。
这个疾病多数情况下是不需要手术治疗的，维持生命体征的平稳，内环境的稳定，减轻脑细胞的水肿，可以使用强力的脱水药物来进行治疗。
原发性脑干损伤可通过创伤引起头部撞击，可导致脑干撞击颅骨板，或导致脑干损伤的脑组织运动或扭曲；或导致颅骨压缩、严重变形或脑室内脑脊液IMP的头部损伤。导致导水管周围或第四脑室底部受伤的行为。原发性脑干损伤常伴有弥漫性脑半球损伤。在严重的病例中，手术是必要的，晚期康复也很重要。
脑干损伤以后是否可以恢复，从年龄来看，还是有恢复的希望，但是在此无法判断，也不好明确告知，需要医生充分的评估以后才能诊断，脑干损伤大部分是可以恢复，但是也有落下后遗症的风险。
对于轻度脑干损伤的病人，可按脑挫裂伤治疗。救治工作要有长期计划，密切注意防治各种并发症。重症脑干损伤疗效甚差，其死亡率几乎占颅脑损伤死亡率的三分之一，若延髓平面受创，则救治希望甚微。可以早期治疗。
脑干损伤清醒这是有可能的，比较严重的脑干损伤清醒的机率就比较小，每个人的损伤类型不一样，损伤范围不一样，可以通过核磁共振的检查，以及给病人做诱发电位来帮助判断。如果脑干损伤以后病人的诱发电位完全诱发不出来，清醒的机率就是非常小的，虽然有脑干损伤但是范围并不太大，这样的病人就可能清醒的机率就比较大一些，通常这样的病人做诱发电位做脑电等这些检查结果是比较好的，可以做核磁共振看一下结构还在不在。