卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，正常子宫内膜是在子宫内，随激素变化子宫内膜脱落产生月经。子宫内膜长到卵巢内，也会产生月经，就无法排出体外，然后就会就形成囊肿，里面的出血是陈旧性的，就像融化的巧克力。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。这是由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
下卵巢巧克力囊肿的常见病因都有：内分泌因素；输卵管阻塞；性生活频繁；流产过多。卵巢巧克力囊肿，其实这是一种不仅影响健康，而且影响生育的疾病，而且卵巢巧克力囊肿是一种比较严重的卵巢囊肿，建议在患上之后一定要及时的就医治疗。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。