进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
如果同房导致妊娠，可以在7-10天后用早孕试纸进行检测，也可以到医院采血检测HCG和孕酮，可以初步诊断妊娠。现在怀疑自己怀孕了，可以去药店买一个怀孕测试棒或早孕试纸来测试，以确定怀孕，月经推迟约10天前去医院做B超检查，以确定是否怀孕。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
早期脱肛与痔疮、肛乳头肥大症状相似，都是无痛性肿物脱出，极易造成不规范的小诊所及经验欠缺的医师误诊，因此，检查脱肛，先进的检查仪器必不可少。对于脱肛、痔疮等肛肠疾病的检查，还通过科学的专业仪器——德国GU-C四维超导造影检查系统。
精液检查的要求是在检查的4到7天内禁止性生活，精液检查一般是通过自慰或者按摩而射精，所以在检查之前需要把手及阴茎和会阴部位进行清洗干净，晨起采精要比其他时间好一些。精液检查可以作为夫妻双方的备孕检查，一些有不孕史的男性可以通过精液检查，来看精子的活力是否足够、精子是否有畸形的情况，看看是不是患有无精症等，针对不同情况可以先给予一定的治疗，另外对精囊炎、睾丸萎缩等疾病也有很好的判断。
