目前对异物肉芽肿的主要治疗方法是药物和手术，常用的药物有曲安奈德、醋酸泼尼松、倍他米松等。严重损伤可以通过手术切除来得到缓解，也可以通过液氮快速杀灭病变区域的细胞。
一、药物疗法
如果没有介入，硬化性肉芽肿可以继续存在，对于这种异物肉芽肿，应给予积极的治疗。目前临床上首选的药物为曲安奈德，醋酸泼尼松，倍他米松。
二、手术疗法
如果损伤较大，可以通过手术取出，但如果手术切口太大，会影响外观，甚至会影响组织和器官的功能。
三、其他疗法
液氮冷冻疗法是在极寒的情况下，快速杀死病区的细胞，让病区恢复正常。
肺部的肉芽肿主要是由于肺部的炎症反应所引起的炎性包块，比较常见的就是结核分枝杆菌感染引起的肺结核。肺结核会严重的侵害肺组织，出现不同程度的受损，表现为各种结节以及淋巴滤泡的增生，有渗出、粘连等改变。肺组织可出现不同程度的纤维化、钙化以及比较大的空洞的形成，甚至导致肺不张、肺气肿的形成，使肺功能急剧下降，甚至会引起呼吸功能的衰竭。
肺部肉芽肿这个病症发病人群比较多，一般说来它常见于血行播散性肺结核或是其他病症引发，长时间不给予护理治疗很容易被转移到身体的其他部位，从而导致面色发黄，消瘦，体重减轻，或者是肺部肉芽肿性肺结核出现，一发发现要积极治疗。
常见的临床症状有寒战、发热、尿频、尿急、尿痛及排尿困难，甚至发生急性尿潴留。直肠指检可扪及前列腺有多发或单发硬性结节。近期发生急性尿路感染，继而下尿路梗阻，同时前列腺迅速增大、变硬，出现硬结，血PSA可能升高，B超发现前列腺内低回声结节或前列腺增大、密度不均，应考虑到肉芽肿性前列腺炎的可能，需在B超引导下行前列腺穿刺活检以明确诊断。
如果是点状的或者是豌豆大小的肉芽肿，可以采用物理的治疗办法，通常可以采用激光或者冷冻，或者是电离子的办法进行治疗。但是如果面部的肉芽肿面积较大，或者是发展的程度较深，可能就要通过手术的办法进行治疗，通常可以进行手术切除治疗。
肉芽肿的形态结构多具有一定的特异性。肉芽肿可分为两大类，即感染性肉芽肿和异物肉芽肿。在病理切片上肉芽肿有特有的形态学改变以小叶为中心的肉芽肿和慢性、炎性细胞是以淋巴细胞、巨噬细胞、上皮样细胞浸润为主。