可在病变的龟头，包皮上取材镜检或培养可找到念珠菌，滴虫性龟头炎可在分泌物上找到滴虫。或是直接镜检这种龟头炎的检查是刮取阴茎龟头、冠状沟或包皮处皮损表面鳞屑作为待检标本。
滴虫性尿道炎是男性比较常见的，可以观察一下尿道有没有烧灼痛而尿道口处痒感，或者伴有尿频、尿急、尿痛的现象，也可以取新鲜的尿道分泌物做镜检可发现活动的毛滴虫，也可以做一下膀胱尿道镜检查。
滴虫性阴道炎和霉菌性，细菌性属于典型阴道炎，需要取白带进行检查的。只是取阴道内分泌物进行一个检查分析，只是使用窥阴器扩张阴道以后就可以了，基本没有什么疼痛感。不用过于紧张，注意检查前不要清洗阴道，以免影响检查的结果。
滴虫性阴道炎最常见的检查项目是阴道分泌物，还有阴道分泌物涂片镜检、组织病理学检查等，除此之外还有尿常规、血常规检查，也是滴虫性阴道炎要做的检查，查看病菌传染源头。
阴道分泌物检查：最简便的方法是生理盐水悬滴法，显微镜下见到呈波状运动的滴虫及增多的白细胞被推移，此方法的敏感性60%～70%。培养准确性达98%左右，取分泌物前24～48h避免性交，阴道灌洗或局部用药，取分泌物时窥器不涂润滑剂，分泌物取出后应及时送检并注意保暖，否则滴虫活动力减弱，造成辨认困难。
无论是急性还是慢性滴虫性阴道炎，确诊都要借助实验室检查。病人在检查前不要做阴道冲洗或阴道上药，24～48小时内不宜有性生活。悬滴法是检查滴虫感染最常用的实验室检查法：在载玻片上滴一滴温生理盐水，在阴道后穹窿取少量分泌物混于盐水中，立刻在显微镜下观察，如果找到活动的滴虫，即可确诊。