在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者；肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施。
经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗，该激光发出的是非灼热性的波段，只针对结石有击碎效果，从而最大程度的护了结石周围的细胞和其它软组织。
肾功能治疗的方式是通过手术切开肾脏，放出多余的积水，难达到治疗的目的。但是具体的肾积水治疗要情况定制个性化的治疗方案，不能一概而论，原则上是需要挽留肾脏的功能，避免肾功能的进一步丢失，但是对于重度积水无功能的肾脏还是建议肾脏的切除。
肾积水要针对疾病原因进行治疗，如泌尿系结核要给予抗结核治疗，肿瘤可手术治疗，尿路结石做体外碎石治疗。肾积水是因输尿管梗阻如泌尿系统患结核、肿瘤、结石等引起肾盂输尿管交界处梗阻，引起肾积水。由于肾积水可合并泌尿系感染。