一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
树立正确的饮食习惯因肛瘘的发生与湿热有关，杜绝刺激油腻性食物，饮食清淡并多食富含维生素的食物，如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜、水果是肛瘘护理要点。纠正过去不良的排便习惯如排便时间过长等，每日排便后坐浴保持肛门清洁是肛瘘护理要点之一。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。
如果瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状，应抓紧治疗，不要拖延病情。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，肛瘘治疗，予以重视和积极配合治疗的同时，还需要病人明智选择一家正规医院进行肛瘘专业手术治疗。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。