一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
晨起可以让孩子用温水漱口，出门可以戴个口罩。此外，可以选用中药治疗，但需要就诊开药。平时观察孩子是否有过敏的东西，海鲜类的尤其要注意，要给孩子多喝水的，甜食要少吃一些的，可以给孩子服用点止咳的药物治疗的。
婴幼儿偶尔咳嗽几声可能是急性上呼吸道感染、胃食道反流、过敏等原因导致的。
1.急性上呼吸道感染：如果存在急性上呼吸道感染，可能会导致婴幼儿偶尔咳嗽几声；
2.胃食道反流：婴幼儿常常有不同程度的胃食道反流，而反流可引起呕偶尔咳嗽；
3.过敏：部分婴幼儿偶尔咳嗽与过敏相关，比如进入容易过敏的环境或者摄入容易过敏的食物，都可能引起过敏导致咳嗽。
干咳是一种比较危险的疾病，一般会有较多的婴儿出现，偶尔会出现干咳，对孩子的身体造成伤害。
造成孩子偶尔干咳的主要原因，如果是受了冷空气的刺激，就会出现干咳。感冒会刺激呼吸道粘膜，引起充血、水肿、渗出等症状，引起干咳的发生，初期不会有微生物感染，但随着时间的推移，可能会引起继发性病毒细菌，引起感染，对孩子的身体健康造成很大的影响。
此外，还会出现过敏性干咳，这是一种常见的过敏体质，会导致孩子出现频繁的干咳，严重的话会影响到宝宝的呼吸，造成更大的疼痛。
可能是周围环境比较干燥，孩子咳嗽几声，但是也要注意观察，不代表着这个就已经有严重的问题，那么如果孩子生病的话，基本上状态会比较差的，那么会感觉没有力气，精神也不太好，有的时候会食欲下降等，平时要避风寒，注意保暖，清淡饮食，忌辛辣煎炸油腻刺激性食物，多喝水，多运动，多晒太阳。
有可能考虑是有少量的羊水吸入，或者是出生时胎膜以及痰液在进行吸痰操作时，吸取的不是特别的完全。同时也不排除新生儿刚出生，对外面的空气偶尔有些过度的敏感造成的，可以通过医生的体格检查，明确诊断下是否有一些其他方面疾病。
