注射局部有疼痛感。注射抬头纹不当时会发生睑下垂，注射鱼尾纹处不当时会发生复视，因注射剂量不准确，一侧多、一侧少会发生不对称的结果，进针刺破血管偶尔发生出血或血肿，肉毒杆菌毒素注射咬肌后，效果能维持6--8个月左右，药效失去后咬肌就会逐渐恢复。不过，多次注射后，效果持续时间会越来越长，3—4次后能维持1年左右。
注射肉毒素最严重的副作用为中毒反应，主要表现为发热、乏力、浑身不适。肉毒素对身体的危害是如果频繁注射，神经对肌肉支配减弱，肌肉就会逐渐萎缩，导致小腿无力或面部表情肌无力、无法做出表情。
如果没有选择正规医院，那就看注射部位比如脸部注射会出现面部不对称、皱纹加重、眼睑下垂、面部僵硬等情况，如果是去除颈纹，那可能造成缺氧，吞咽困难等；如果注射腿部或者臂部肌肉，可能会出现肌肉萎缩等情况。
面肌痉挛注射肉毒素，可以有效的切断神经和肌肉联系。通过牺牲面部肌肉的运动功能来防止面部的抽动，所以，每次打完肉毒素，肉毒素的药效会持续4个月左右，这段时间面部的运动功能是减退的，随着时间的推移，数月之后，肉毒素被吸收、代谢，面瘫的状况会慢慢好转。但是，当抽动复发后，再次注射的效果就会变差。所以用肉毒素是一种权宜之计，到后来，还是需要手术。
肉毒素是常用于美容的一种药物，肉毒素美容主要是通过肉毒杆菌的作用，使局部的肌肉发生暂时性麻痹，从而消除部分皱纹，达到年轻化的目的。目前，肉毒素的应用较为广泛，如肉毒素瘦肩、肉毒素治疗咬肌肥大、肉毒素瘦小腿、肉毒素治疗腋臭，甚至治疗多汗症等。
通常建议注射肉毒素半年之后再考虑怀孕。
肉毒素主要是通过局部特异性作用于局部肌肉，对肌肉收缩进行抑制，达到除皱、肌肉塑形效果的一种神经毒素，孕期、备孕、哺乳期应禁止使用肉毒素治疗。
人体中肉毒素作用有时效性，会随着时间推移被人体代谢，大概需要四个月至半年。建议想要备孕女性，在注射肉毒素治疗半年后，等药物完全代谢了再怀孕，相对安全，不会对胎儿造成影响。
