副作用是有的，可能会使齿槽高度降低。将正畸治疗前后的x线片进行比较，如果显示牙根的外形发生的变化，多表现为根尖圆钝，根长变短，称之为根吸收。多年来人们一直存在疑问，为什么正畸过程中牙根周围的牙槽骨会发生吸收和沉积，而牙根的结构不发生变化？近年的研究告诉我们与牙槽骨一样，根的牙骨质也存在吸收和修复。只有当修复不能补偿吸收时，牙根才会发生永久性的组织缺失，由于正畸矫治器会增加牙龈炎症的机会，即使患者十分注意口腔卫生，齿槽高度降低的可能性仍然存在。建议选择正规医院做正畸，并且注意口腔卫生。
少数人做正畸之后会出现牙齿疼痛等副作用，这个是正常的。过大的正畸力会立刻引起牙齿疼痛，这是因为牙周膜受到过度的压缩，临床上正畸医生对牙齿施力后，正常情况不应引起即刻疼痛，几小时以后病人可能开始有痛的感觉。这种疼痛感不应十分剧烈，一般每次加力后持续2~4天。病人对疼痛的感受个体差异很大，通常第一次加力后的疼痛或不适感最严重，造成疼痛的原因是牙周膜出现缺血区域，进而缺血区发展成为玻璃样变，牙齿咬合时出现不适，提示根尖部有炎症反应，或轻度的牙髓炎症。术后要保证每天口腔清洁，勤刷牙漱口。
会有比如牙齿疼痛等副作用，但慢慢就会消失。通常这是由于牙齿有创伤的历史。持续的供受阻。另外一个原因就是切牙过度倾斜移动，冠根反向运动，造成根尖突破骨皮质，由于牙齿移动的关键是牙周膜的改建，而非牙髓变化，因此经过牙髓治疗的牙齿可以正常移动。影响根吸收的因素：个体的易感性：不同的人或相同人不同牙位根吸收的好发程度不同，根吸收主要由破牙骨质细胞造成，该细胞与破骨细胞相似，也受到成骨细胞和局部及全身生物因子的调控，因此机体状态、创伤、年龄都会影响根吸收。去正规医院进行正畸手术，安全性会比较高，平时注意口腔卫生，勤刷牙。
口腔正畸一般的危害有牙髓炎症、牙齿松动等。
治疗初期，牙髓发生轻微的暂时性炎症反应，表现为加力后头几天会感到疼痛或不适，但影响不大。牙齿要移动，需要重建牙槽骨和牙周膜，因为牙齿依靠牙周膜将牙齿固定在牙槽骨内，从而导致牙齿松动。牙槽骨的高度会出现轻微的下降，这是因为戴矫治器难以保持口腔卫生，增加患牙龈炎的机会，治疗结束后牙槽骨不会继续吸收，牙槽骨会逐渐恢复正常。
正畸之后可能会出现小小的副作用，比如牙齿松动度增加。正畸力不仅会引起牙槽骨的改建，也会造成牙周膜纤维的结构重组。牙周膜纤维脱离附着的骨组织和牙骨质，当牙齿移动到新的位置再重新附着，在x线片上，我们可以看到牙齿移动过程中牙周膜增宽，临床上表现为牙齿的动度增加。一般在牙齿移动过程中动度增加并非异常，但力量过大会发生大范围的潜掘性吸收，牙齿会发生过度松动，这就提示临床医生牙齿的受力过大了。这可能是正畸力引起的，也可能是咬合创伤所致。无论什么原因，都应尽快清除动度过大的牙的咬合接触，直到牙的松动度降低至正常范围。一般正畸过程中出现的牙齿松动度增加，不会造成永久性的损伤。术后应注意保持口腔卫生。
