通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
唇系带过短可以使用手术治疗，是由于先天性发育不良，导致门牙中间牙缝过大，其原因是唇系带附丽异常，唇系带附丽于前庭沟黏膜上。唇系带过短是唇系带附丽于牙槽嵴顶黏膜，限制了唇部的活动，出现了门牙中间牙缝过大。
癫痫病可以分为先天性和后天性的，先天性的癫痫病是通过遗传因素而来，这种几率比较小，更多的是因为后天的各种因素而诱发的癫痫病。治疗癫痫关键在于针对癫痫发病机制即受损脑神经元细胞靶向针对性治疗，激活受损脑神经元细胞，促进胞体新陈代谢加快，恢复胞体功能，平衡异常放电，来抑制癫痫发作。
先天性梅毒儿应及时治疗是可以治的，到正规的机构接受治疗，同时也需要做好相关的护理工作，孩子应该在出生之后立刻开始进行梅毒治疗，早发现早治疗效果会更好，并且可减少疾病给孩子身体的伤害。
正规的药物治疗可使70%～80%的癫痫发作能得到缓解，其中一半药物全停药，药物治疗无效的难治性癫痫中，有一部分先天性癫痫病通过手术治疗。其中癫痫病的治疗注意事项首先必须到正规医院就诊，医生需要详细询问病史并且做必要的检查，如脑电图、头颅CT、核磁共振等，确诊以后才能给予正确有效的治疗。
儿童被诊断为先天性肛门闭锁，父母不应慌张，必须尽快手术，使粪便能排出体外，不影响儿童的生长发育，需到市级以上医院进行外科治疗。所以需要服从医生的治疗计划，积极配合治疗。
