肾囊肿要根据囊肿大小，所在位置，采取相应的治疗方法。
囊肿只要位置比较合适，大小超过5cm，一般是在超声定位下行肾囊肿的穿刺术，穿刺以后把肾囊肿里面的液体抽出来，抽出来以后减压，会打硬化剂进去，所谓的硬化剂比如像无水酒精，还有聚桂醇等，目的是让囊壁经过硬化剂的作用，让囊壁粘连在一块，下次这个部位就不容易再发生囊肿。
建议到肾内科检查就诊，日常饮食上注意避免辛辣，不要吃生冷刺激性的食物，最好以清淡营养容易消化为主。
当肾脏的囊肿在4cm以上、8cm以内时，这种大小的囊肿采用穿刺注射硬化剂进行治疗。如果囊肿较大，囊肿的直径大于8cm，并且对周围脏器压迫比较明显，考虑行腹腔镜肾囊肿去顶减压手术来解除囊肿对周围组织的压迫。
最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。注射硬化剂的目的是肾囊肿的囊内形成粘连、硬化，这样可以迫使该部位不再出现积液形成囊肿的。一般有人选择药物治疗，但是对于肾囊肿，药物治疗的效果一般都不好，所以最佳的治疗方式还是采取肾囊穿刺抽液的操作。
肾囊肿可以采取手术治疗的方法，并且要尽早的进行手术，可以取得更好的效果。手术可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。手术之前需要进行详细的检查，一般采用X线造影、肾脏B型超声检查或者CT检查为主。
双肾囊肿采用什么样的治疗方法，是取决于囊肿的大小，当囊肿小于五厘米的时候，是不需要治疗的，定期复查就可以，对于5到8厘米的，可以治疗也可以不治疗，这得看患者的情况，但低于八厘米以上的囊肿，建议手术治疗。
需要根据囊肿的大小而定，如果囊肿较大就需要进行手术切除，药物治疗是没有什么效果，而且在术后定期复查囊肿，是有复发可能。囊肿是属于基因突变导致的，大部分是良性的，囊肿过大是会引起肾功能的损伤，需要特别的注意。