如果肾囊肿不及时治疗，可能会引起严重问题，造成肾衰竭尿毒症。
肾囊肿不断增大会影响到肾脏功能，并伴有尿蛋白、尿潜轿，高血压、肾功能不全等并发症，严重者还会引起肾功能衰竭甚至是尿毒症的发生。对肾囊肿过大的患者而言，囊肿可能会突然破裂，出现感染而加重病情，长期压迫肾脏周围的组织，以影响到肾功能。
建议根据个人情况采用中医治疗或西医治疗。在治疗期间注意饮食，避免生冷辛辣油腻等刺激性食物的摄入，同时忌烟忌酒，保持良好的心态。
大部分肾囊肿患者为单纯性肾囊肿，多无明显的临床症状，通常在体检过程中被发现，囊肿患者不需过于担心，这种囊肿对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗，只要6个月到1年随诊即可。如果囊肿数量较多，如多囊肾，则最终会发展至慢性肾衰竭，需要引起足够的重视，延缓疾病的发展过程。
左肾上部分的囊肿，可能一生下来就存在了，没有不舒服的情况下可能都不在意，属于良性的。囊肿一般是做B超检查时会发现，体积小，是不影响日常生活的，可不做治疗，但需定期复查B超随访。若发现囊肿快速增大，或有明显症状而影响生活和工作时，要考虑做微创手术治疗。
肾上囊肿是肾脏常见的良性肿瘤。可以手术治疗。多休息，不要熬夜，不能饮酒，不能操劳过度。饮食上以清淡为主，不能吃辛辣的东西。适当进行有氧运动，注意劳逸结合，要多喝水。
肾上有囊肿如果是比较小的囊肿，是不需要治疗的，定期复查就可以，如果囊肿增大，可以考虑中西医结合的方法治疗，平时的时候也要调整好生活、注意休息，对于比较大的囊肿，而且压迫肾脏，一般需要手术治疗。