肠镜检查的是大肠，小肠是看不到的。
如果要检查小肠病变，可以查胶囊内镜，能观察到小肠。肠镜检查是经肛门将肠镜循腔插至回盲部，从黏膜侧观察结肠病变的检查方法。肠镜主要是从直肠进入，经过结肠，最后看到回肠末端。肠镜检查适合大肠息肉，大肠炎症性疾病如溃疡性结肠炎、克罗恩病，慢性结肠炎、结肠癌等疾病，做肠镜之前需要禁食禁水，口服泻药。
建议在吞服胶囊内镜之后至少2小时内禁饮食，2小时后患者可饮水，4小时后可进流质、半流质饮食，检查结束后可恢复正常饮食。
通常情况下，胃肠镜是一种常见的胃肠镜检查方法。是一种与食道、胃镜、结肠镜等检查相媲美的非外科检查金质，可以通过内窥镜直接看到小肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤等病变。另外，还可以进行组织切片、粘膜的染色、病灶的定位，以及对肠镜下出血、息肉、粘膜、狭窄等方面的检查。目前，使用最多的是两种手术方式：一种是双气囊式肠管，一种是一种新型的内窥镜。应结合病情及临床实际选择合适的检测方法。
通常来说，小肠镜检查需要1.5-2小时。
小肠镜检查是最常用于病因不明的慢性消化道出血及各种小肠病的检查和诊断方法，适用于无明显诱因出现腹胀、下腹部明显、腹泻、腹痛等情况，或者CT提示小肠壁增厚，在检查的当天要禁食，检查的前1日晚饭要照常进食，而检查前12小时要用至少3L的水冲服清肠药物来清洁肠道，检查时一般需要1.5-2小时。
小肠痛可以做肠镜检查。肠镜是可以检查到小肠的，但是需要做小肠镜检查。肠镜检查分为以下几种：结肠镜，乙状结肠镜，小肠镜检查。具体应用哪种肠镜方式要依据自己的适应症来选择。目前在临床上，检查小肠还可以通过胶囊内镜、双气囊小肠镜检查。
小肠镜检查操作较为复杂，所以相比大肠镜检查其价格较高。大肠镜的检查费用约为300元，小肠镜的检查费用约为5000元。
小肠镜是一种费时费力的手术方法。小肠镜是观察小肠损伤的关键。目前可以用胶囊小肠镜来观察小肠的病变，这样做会让病人有更好的舒适感，但胶囊小肠镜与肠镜检查存在区别，建议患者遵从专业医生的诊疗方案。
