影响颈椎的发育、影响婴儿的头部发育、影响婴儿的睡眠质量。
脊柱是直的，平躺时，背和后脑勺在同一平面上，不会造成肌肉紧绷。如果宝宝的头部垫高了，反而容易造成呼吸困难。出生后颈椎尚未发育完全，使用枕头可能会影响颈椎的发育，如果材质太硬，可能会影响婴儿的头部发育，如果不适合婴儿，还可能影响婴儿的睡眠质量，从而影响身体发育，枕芯里的物质很容易受潮引起发霉滋生细菌，可能会引发过敏，有的婴儿是过敏体质，使用谷类等填充枕头可能会使婴儿打喷嚏咳嗽等。
建议给婴儿选择合适的枕头，能使头部和身体成一条线，有利于改善睡眠质量，平时注意勤清洗晾晒枕头。但是如果觉得宝宝睡得不踏实，可以垫上几块棉布。
容易使脖颈弯曲，有的还会引起呼吸困难，以致影响正常的生长发育。
宝宝三个月内才会形成颈椎弯曲，三个月前是千万不能枕枕头的，尤其是枕头的高度超过两厘米。40天的的宝宝，脊柱平直平躺时背和后脑勺在同一个平面，颈、背部肌肉自然松弛，侧卧时头与身体也在同一平面，如果垫枕头，反而容易使脖颈弯曲，有的还会引起呼吸困难，以致影响正常的生长发育。
建议新生儿不要使用枕头，为防止吐奶，必要时可以把新生儿上半身适当垫高一点。宝宝长到3个月时开始学习抬头，脊柱颈段也开始出现向前的生理弯曲，再使用枕头。
新生儿的头长得比较快，颈椎是直的，还没有形成生理曲线。平躺时，其背部和后脑勺在同一平面上，不会悬空，因此不需要支撑和枕头，也不会造成肌肉紧张，而且新生儿的颈部很短，头部被垫起，非常不舒服，容易形成头颈弯曲，影响新生儿的呼吸和吞咽，甚至导致意外事故。
随着宝宝的逐渐成长，骨骺系统逐渐成熟，脊柱的四个生理曲线逐渐的出现。为了让宝宝安全睡眠，在宝宝3-4个月大的时候，学会抬头看，颈椎前凸形成脊椎的第一个曲线，也就是颈椎曲度，宝宝需要开始使用枕头，但枕头一开始不要太厚，从一两厘米开始，逐渐调整。如果刚出生的宝宝经常有溢奶或吐奶的现象，或者穿得比较多，或床垫比较软时，可以在宝宝头下垫一条折叠毛巾，厚度为1厘米。宝宝学坐七八个月后，胸椎开始向后弯曲，肩膀也会发育变宽。这时宝宝睡觉时要垫一个3厘米高的枕头。
新生儿暂时不需要枕头，因为脊柱是直的，没有形成生理性弯曲，平躺的时候，他的背跟后脑勺是在一个平面上，也不会造成肌肉的紧绷而导致落枕，而且新生儿头比较大，它的平睡或者侧睡都比较自然，是不需要枕头的。
荞麦的枕头比较透气，里面一粒一粒的很松软，宝宝枕着，不容易使头变形，但是用着比较凉，适合夏天的时候使用。如果家里有条件的话，可以选择买一些较好的茶叶，最好是绿茶，充当宝宝的枕芯；同理，菊花也是非常好的选择。
新生儿不需要用枕头的。因为新生儿脊柱是直的，没有成年人的弯曲度，平躺后背和后脑勺都是处于同一水平线，如果使用枕头会使头颅和颈部弯曲，影响呼吸，影响宝宝骨骼生长。此外，新生儿颅骨比较柔软，囟门和颅缝都没有闭合，太早使用枕头会把头型睡扁，头颅变形。