儿童肥胖主要危害是会引起发育异常，并给健康带来诸多潜在危害。
肥胖会引起儿童性发育异常，部分儿童会因肥胖导致性发育障碍，男孩出现隐睾，乳房膨大等性器官和性征发育障碍，女孩则出现性早熟或月经异常；儿童一旦肥胖，由于体内脂肪比例增高，酸性代谢产物排泄不充分而蓄积量增大，儿童会经常感觉疲困乏力，贪睡，不愿活动；过度肥胖导致呼吸系统功能下降，血液中二氧化碳浓度升高，大脑皮层缺氧，儿童学习时注意力不易集中，影响儿童的智力发育。
建议在日常生活中，父母应注意孩子的体重，调整孩子的饮食结构，防止儿童肥胖的发生。
肥胖的孩子首先要限制饮食，这样既能达到减肥的目的，又能保证孩子的正常生长发育。
对于营养过剩的肥胖儿童，一般的减肥方法是控制食量和运动量，控制体重增长达到减肥的目的。
在饮食方面，有些孩子由于饮食习惯不好，如不吃早餐、晚餐吃得丰富和吃宵夜、边吃边玩、饭前吃零食等，导致肥胖。
平时还需要做到营养均衡注意给平衡膳食，尽量让孩子可以均衡获取：蛋、奶、果、谷、脂、蔬，这6大营养，逐渐培养孩子均衡进食的好习惯。
儿童的肥胖与摄入过量的高脂食品有关，一般认为是由于某种疾病引起的，比如：垂体瘤，肾上腺皮质功能亢进，肾上腺皮质瘤等。
因此需要进行头颅ct，肾上腺的ct检查，还有血液检查、血压，可以通过测量血压来判断患儿有无血压，抽血检查可以检查患儿的血脂、空腹血糖、空腹胰岛素、餐后两个小时的血糖，从而明确病因，并进行相应的处理。
排查儿童肥胖症要先排除继发性肥胖，而继发性肥胖主要是下丘脑肿瘤导致，还有皮脂腺增多症、甲状腺功能减退症等原因，主要有以下几种：
第一，神经内分泌源性肥胖。神经内分泌系统的疾病导致的，继发性肥胖因下丘脑和下丘脑长瘤会导致激素分泌过多，从而引起肥胖。
第二，遗传综合征。一些症状可能病因不明，如色素视网膜炎、性功能减退、小胖威利综合征、多指畸形综合征，都要到医院排查。
第三，医源性肥胖。服用某些药物，如糖皮质激素、三环类抗抑郁药等，长期服用可能导致医源性肥胖。还有颅脑手术影响下丘脑也会导致医源性肥胖。儿童肥胖症要进行排查，排除继发性肥胖，再根据原发性肥胖治疗。
儿童肥胖可能导致血脂的升高、吸引道的疾病、影响到脂肪肝等。1、导致血脂的升高，这样在儿童期就奠定了动脉粥样硬化。动脉粥样硬化就是在血管里面形成的像锈斑一样的东西，斑块破裂最终可以导致血栓的形成，有的时候会引起脑梗死、心肌梗死这样一些问题。2、儿童因为肥胖以后，它会使得胸壁的脂肪堆积，压迫到胸腔，呼吸受到限制。这样容易引起呼吸道的疾病。3、影响到脂肪肝，脂肪肝严重的时候可以引起肝纤维化，也就是肝硬化，肝硬化进一步可以发展为肝癌，儿童的肥胖导致的脂肪肝，它会带来非常严重的后果。建议：家长应先帮助孩子分析肥胖的原因，制订自我监测内容，包括每天、每餐的进食量。要求孩子做到吃饭细嚼慢咽，不吃零食和不额外补充高热量食物。
儿童肥胖可能造成高血脂、高血压、糖尿病等危害。
肥胖会带来很大的伤害。比如血脂数升高，儿童会出现高血脂症，也会出现高血压，因为肥胖儿童体重增加，代谢增加，耗氧量增加，增加心脏负担，血压升高。还有一种可能导致糖尿病，即高胰岛素血症。还有一点就是脂肪肝，现在儿童脂肪肝的发病率已经超过了80%。由于儿童过胖，胸壁脂肪堆积，影响肺部的通气功能，导致肺纤维化，呼吸道抵抗力下降，引起呼吸道疾病。还可能导致胃溃疡、肠溃疡等消化系统疾病。