消除腱鞘囊肿可根据具体病情选择手术切除治疗或非手术对症治疗干预方法。
例如，对于腱鞘囊肿程度较轻、症状不太严重的患者，局部外用药可结合理疗、针灸、按摩手法等，经过一定时间的治疗逐渐消除腱鞘囊肿。另一方面，对于腱鞘囊肿程度较严重、症状较严重或疗效较低的非手术患者，研究微创切除方法可有效清除腱鞘囊肿，并相应减轻症状，术后注意和护理。
消除腱鞘囊肿，具体分析如下：
腱鞘囊肿一出现，极个别腱鞘囊肿，由于囊腔和其他囊腔相通或者关节腔相通，囊液可移动至一定角度时，吸收渐减，囊肿自消的可能性很大，但较易反复发作。如果是一些较大的腱鞘囊肿就不能够完全避免复发问题。多数病例腱鞘囊肿逐渐增大，出现局部压迫症状，或严重影响外观，推荐手术治疗，才能彻底根除。
腱鞘囊肿积液可以通过按摩、药物、手术等方式来消除。
腱鞘囊肿有积液，一般不会有特别的表现，一般不需要特别的处理，要多观察，不要过于运动，也不要做局部的推拿，按摩。如果囊肿越来越大，并且有痛感，可以用手挤压，或者穿刺取出，再注入激素药物，需要做外科手术。在日常生活中，要注意减少手腕的活动，不要举起重物，不要频繁的移动手腕。
手腕部发生腱鞘囊肿临床上十分多见，该病目前病因尚不十分清楚，可能为慢性劳损，但其他原因也可引起腱鞘囊肿，如外伤、局部炎症性疾病，某些免疫性炎症性疾病如类风湿性关节炎等均可引起腱鞘囊肿。
多数时候，腱鞘囊肿并没有造成明显症状，也无需特别处理，应该清楚一点，做推拿、按摩、外用某些中草药或用某些膏药并不能让腱鞘囊肿根除，反之亦然，很可能引起局部刺激，而使腱鞘囊肿变大，如果症状不明显，可持续观察。还可手术摘除，如腱鞘囊肿渐大，引起局部酸胀、甚至局部神经血管受压，通常需主动手术、彻底摘除。
腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
引起腱鞘囊肿的原因有：
关节囊、韧带以及腱鞘的结蒂组织退变引起的疾病。或者是轻度外伤或劳损导致腱鞘变薄，引起关节腔内积液突出，形成腱鞘囊肿。腱鞘囊肿一般经保守治疗，预后较好，可以自行消退，且不再复发，部分患者还需要手术切除治疗。但是，如果患者后期继续从事手部工作时，很可能会导致腱鞘囊肿复发，所以需要注意休息。