肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘目前全世界范围内公认的治疗方法就是手术疗法，采用药物疗法只是短期的对症处理，它没有办法从根本上解决肛瘘病理性感染和病性管道存在的问题，所以只有对一些中老年病人或者体质非常虚弱的人，以及一些幼儿，暂时不能承受手术的人，才会首先采用保守疗法，当机会成熟，病人状态改善的时候，择期再用手术疗法。
手术疗法也非常的繁多，国内国外采用的方法也是不一样的，这些方法都是针对不同类型的肛瘘，但是唯一一个可以明确的就是，不管用什么方法，只有手术疗法才是治愈肛瘘的方法。
肛瘘的治疗方法主要是通过手术方式，手术的原则是将瘘管彻底的切开或者切除，形成敞开的创面促进它的愈合。它最大的优点是不会造成严重的肛门失禁，同时具有操作简单，出血少，换药痛苦较小的优势。