一般情况下，孩子指甲凹凸不平可能与缺乏营养、真菌感染等因素有关。具体内容如下：
1.缺乏营养：如果孩子饮食习惯不良，存在偏食、挑食等现象，则容易造成自身缺乏营养，蛋白质、钙元素等营养物质摄入不足，难以保障指甲的营养供给，从而出现指甲凹凸不平的现象。
2.真菌感染：如果孩子不注意指甲部位的清洁卫生，则接触到外界污染物后容易引发真菌感染，影响指甲组织的正常发育，可导致指甲凹凸不平。
儿童指甲凹凸不平是营养缺乏，当宝宝存在铁缺乏时会出现反甲，指甲呈勺状，且指甲脆弱，平日有挑食、偏食、肉类食物摄入过少的习惯，如果存在低钙，指甲层竖条纹状，平时户外活动少、体格发育状况差，要及时带宝宝到医院进行微量元素检测。
这是提示身体内钙质，蛋白质，硫元素的缺乏，这些营养物质可以从蛋类，大蒜中取得，经常食用为好。人类五脏的变化，会相应地反应到指甲上来，平时只要注意观察指甲上的微妙变化，即可预测一个人的健康状况。
孩子指甲如果凹凸不平，很有可能是营养不良导致的。
平时的时候，如果宝宝身体里缺乏一些营养元素，比如说缺钙或者是缺铁等等的时候，都会出现指甲凹凸不平的情况，有的时候会伴随有指甲比较脆弱，还有一些宝宝的指甲就像一个勺状现象，所以说当发现自己家的孩子指甲有凹凸不平的情况，最好要带孩子到医院做一个微量元素的检查，看看宝宝是否缺乏了一些营养物质，那么平时的时候可以给孩子多吃一些新鲜的水果蔬菜，或者是吃一些鱼虾和动物肝脏，这是可以起到补铁和补钙的作用。
指甲凹凸不平考虑甲营养不良，可能和缺乏某些微量元素或者贫血有关。平时饮食注意营养均衡，不要挑食，多吃蔬菜水果，适当补充微量元素，有可能和缺铁或者缺锌有关，可以去抽血化验，明确诊断。如果是缺锌，可以适当食用贝壳类食物或者红色肉类食物。
指甲横纹凹凸不平的原因有以下几种，考虑可能是由于缺钙引起的，可以在医生的指导给予含有维生素D和钙剂的药品来积极的进行补钙治疗。另外平时饮食上也要多吃一些含钙量高的食物，例如牛奶，豆制品。考虑可能是由于体内出现病变引起的，现在要及时的去医院做相关检查，以明确病因再针对性的治疗。平时要多注意休息。