怀孕出现咖啡色分泌物是由于以下原因导致的。
如果女性在怀孕时，阴道出现流血的状况，在宫腔内滞留时间长，经过阴道酸碱环境就会变成咖啡色的分泌物，是需要及时去往医院进行超声检查的，如果病情严重，有出血的症状，需要在医生的指导下进行保胎治疗。
建议患者在日常生活中要注重清洁卫生，勤换洗内裤，还需要避免剧烈运动。
怀孕初期出现咖啡色分泌物可能是流产的征兆。流产是怀孕初期的常见症状，所以怀孕初期要注意休息，避免剧烈活动，避免同房，减少流产几率。如果出现咖色分泌物，一定要及时进行保胎治疗，同时还要做超声检查，确定是否有保胎的价值。如果只是有少量褐色分泌物，不会有腹部疼痛的感觉，可能是因为怀孕初期体内雌性激素分泌量增多，出现褐色分泌物。
正常情况下，怀孕期间应该不会有咖啡色分泌物，咖啡色分泌物说明分泌物中有血，但如果血量少，在阴道内停留时间长，就会有棕色分泌物。需要去医院查出孕期出血的原因。大部分先兆流产患者在孕期都会有咖啡色的分泌物，在医院通过彩超和验血可以确诊。
如果检查提示有先兆流产，可以流产，对症治疗，卧床休息，等体内激素水平恢复正常后，这种情况可以缓解。流出怀孕咖啡色分泌物不能排除宫颈的问题。宫颈糜烂、宫颈息肉或宫颈病变的患者也会有分泌物异常，需要去医院辨证后根据情况进行治疗。
怀孕初期有咖啡色分泌物可能是有先兆流产或者是宫外孕的情况。最好到正规的医院进行B超检查，检查孕囊的生长状况，以确定有没有宫外孕的可能，用HCG检查孕酮水平。孕激素过高可以通过服用黄体素，也可以通过肌肉注射来进行保胎。日常生活中要注意保持营养均衡，不要吃辛辣和刺激性的东西。别太辛苦了，这段时间可以躺在病床上。禁止做爱。注意阴部的卫生，要注意保持良好的情绪，避免出现炎症。
妊娠后流出咖啡色分泌物，说明出血较少，此出血可来自宫腔、与妊娠有关、与妊娠胚胎或胎儿关系密切、可为流产或先兆早产或足月临产。
如伴腹痛则提示有不同程度宫缩，此出血与妊娠相关，需严密观察或进一步检查，行超声检查可明确宫内妊娠情况，妇检可判断或知道出血部位。少数病例可能为与妊娠无关之出血，例如阴道之炎症、宫颈之病变（例如宫颈之息肉、宫颈癌）都会造成咖啡色分泌物外流。
怀孕后出现咖啡色分泌物，主要被认为有先兆流产的可能，少量咖啡色分泌物未引起下腹痛的，女性也可先行暂时观察。如果咖啡色分泌物持续时间较长，且女性出现下腹疼痛，最好去医院复查血液绒毛膜促性腺激素、孕酮和妇科超声检查。
注意适量休息，多吃营养食物，使胚胎着床牢固，保持外阴清洁卫生，定期复查即可。检测妇科超声和血绒毛膜促性腺激素、孕酮，如出现先兆流产，女性应注意卧床，给予药物保胎治疗，1周后复查。