怀孕出现咖啡色分泌物是由于以下原因导致的。
如果女性在怀孕时，阴道出现流血的状况，在宫腔内滞留时间长，经过阴道酸碱环境就会变成咖啡色的分泌物，是需要及时去往医院进行超声检查的，如果病情严重，有出血的症状，需要在医生的指导下进行保胎治疗。
建议患者在日常生活中要注重清洁卫生，勤换洗内裤，还需要避免剧烈运动。
妊娠后流出咖啡色分泌物，说明出血较少，此出血可来自宫腔、与妊娠有关、与妊娠胚胎或胎儿关系密切、可为流产或先兆早产或足月临产。
如伴腹痛则提示有不同程度宫缩，此出血与妊娠相关，需严密观察或进一步检查，行超声检查可明确宫内妊娠情况，妇检可判断或知道出血部位。少数病例可能为与妊娠无关之出血，例如阴道之炎症、宫颈之病变（例如宫颈之息肉、宫颈癌）都会造成咖啡色分泌物外流。
怀孕初期出现咖啡色分泌物可能是流产的征兆。流产是怀孕初期的常见症状，所以怀孕初期要注意休息，避免剧烈活动，避免同房，减少流产几率。如果出现咖色分泌物，一定要及时进行保胎治疗，同时还要做超声检查，确定是否有保胎的价值。如果只是有少量褐色分泌物，不会有腹部疼痛的感觉，可能是因为怀孕初期体内雌性激素分泌量增多，出现褐色分泌物。
怀孕初期有咖啡色分泌物可能是有先兆流产或者是宫外孕的情况。最好到正规的医院进行B超检查，检查孕囊的生长状况，以确定有没有宫外孕的可能，用HCG检查孕酮水平。孕激素过高可以通过服用黄体素，也可以通过肌肉注射来进行保胎。日常生活中要注意保持营养均衡，不要吃辛辣和刺激性的东西。别太辛苦了，这段时间可以躺在病床上。禁止做爱。注意阴部的卫生，要注意保持良好的情绪，避免出现炎症。
怀孕的时候如果总是有咖啡色的分泌物，一个该及时去医院做B超，看一下是否存在先兆流产的可能。同时一定要注意多休息，并且要注意卫生，千万不要吃一些辛辣刺激的食物，且定期产检。
怀孕初期咖啡色分泌物常常是一种正常的现象，因为怀孕初期体内发生变化，雌激素水平发生了改变，阴道分泌物可能会有一点异常，出现咖啡色分泌物，纯属正常现象。但如果咖啡色分泌物比较多，量比较大，常常都是着凉受寒，受潮，或者是感染发炎造成的一种情况，这往往与外界因素有关，或者与情绪因素，环境改变等引起。这应该注重保养，注重局部卫生，防止着凉受寒。