卵巢早衰主要与三个原因有关：
1.遗传因素：遗传因素中常见的是X染色体异常和基因突变等，患者可能会同时伴有第二性征发育不良。
2.免疫学因素：如果患者患有系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎等疾病，可能会使体内的免疫组织受损。
3.全身性疾病：如果患者患有严重的贫血、甲状腺疾病，也容易出现卵巢早衰的情况。
由于卵巢内卵泡耗竭，或医源性损伤，发生卵巢功能衰退，称为卵巢早衰，是遗传性因素，卵巢早衰的病患的母亲或母亲的姐妹们都卵巢早衰的情况。免疫性疾病，医院性损伤，比如放疗化疗，对性腺的破坏，或手术所导致的卵巢血供受影响。卵巢早衰检查性激素六项，主要以低雌激素，及高促性腺激素为特征。
引起卵巢早衰的原因有很多，大的因素可能与现代女性精神压力过大有关。经医学证明能刺激脑垂体从而使卵巢分泌激素的办法就是使用激素，使用激素需要医生的指导。卵巢早衰有先兆，可治可防，防重于治未病先防，阻断病势卵巢早衰要重视月经的改变，如月经稀发、月经过少、渐至闭经时，便要注意未病先防。
引起卵巢早衰的病因复杂多样，确切的原因尚未明确。与遗传的原因、自身免疫力两大原因息息相关。遗传的原因：据调察分析显示，卵巢早衰有着明显的家族遗传史，这是到时卵巢早衰的重要原因，是由于X染色体异常导致的。
遗传学因素，约有10%的卵巢早衰的有家族史，免疫学因素，卵巢早衰的卵巢自身免疫损害，也可能属于自身免疫性疾病，使免疫功能紊乱以后殃及卵巢，还有一些是医源性因素的，环境、感染及心理因素。环境毒物破坏卵泡会导致卵巢早衰。