一般情况下，如果孕囊比较大或女性子宫收缩乏力，可能导致药物流产流不干净。
通常，药物流产在3天的时间里吃米非司酮片以及米索前列醇片来终止妊娠。如果孕囊比较大、女性子宫收缩乏力，有一定的可能导致药物流产流不干净。服用药物后，女性需要再配合生化颗粒、益母草颗粒等活血祛瘀的药物进行调经处理，从而促进宫腔妊娠物排干净。在药物流产后的两周应该复查B超，如果宫腔残留物比较多，需要尽早清宫处理。
一般情况下，药物流产不干净不清宫会导致贫血、盆腔炎等问题。
药物流产如果不干净，检查发现有宫腔残留组织，一般需要尽快进行清宫处理，否则容易导致贫血、盆腔炎、子宫内膜炎等情况，严重时残留组织还可能会发生机化，进而对以后正常的月经来潮和生育造成不良影响。所以一旦出现药物流产不干净的情况，患者需要听从主治医生的建议，尽快进行清宫。
一般情况下，药物流产不干净的表现有发热、腹部疼痛、阴道流血等。
药物流产不干净通常会出现发热的现象，可能是药物流产不干净导致的宫内感染，这种情况下应及时去医院进行B型超声波检查，如果有宫内残留物，应及时在医生的指导下进行刮宫处理。此外，药物流产不干净还会有腹部疼痛的表现，通常为持续性的腹痛、压痛等症状。阴道流血也是药物流产不干净的表现，流血时间较长，流血量比较大，这种情况下一般也代表子宫内有残留物。
药物流产流不干净，会出现出血淋漓不尽的现象，而且多数人还会有腹痛，这主要是由于残留物的刺激导致的。目前不能够确定是否流产不全，因为如果正常，流产后出血的时间不超过一周，如果超过两周还有出血，那么很有可能是有残留物存在，最近要注意休息，而且，如果过了两周还有出血，应该去医院做一下B超，假如说还有残留物，应该尽早的清宫。
通常情况下，药物流产会流出胎囊。具体情况分析如下：
如果不能排出胎囊，患者可以通过人工流产来清除蜕膜和胎囊。不过，药物流产的适应症也要注意，停经49天以内，胎囊的直径小于2.0cm，通过B超可以看到子宫内的胎儿体积越小，那么药物流产的几率就越大。而且在药物流产的时候可能会出现过敏、流产不全、大出血等症状。
一般情况下，药物流产不干净的几率大约在30%-40%。
药物流产主要是通过服用药物来胚胎凋亡，从而促进子宫收缩，将宫腔里的妊娠物组织排出体外。在这个过程中，女性对药流药物的敏感性比较重要。如果女性对药物敏感，一般情况下，都能药物流产成功；如果女性对于药物不敏感，有一定的可能出现药流不全、药流失败等情况，如果女性出现这些情况，建议及时去医院通过清宫术将残留的妊娠物组织排出体外。