一般情况下，生理性卵巢囊肿不需要治疗。生理性卵巢囊肿通常发生在月经的后半期，而且一般并没有腹痛、阴道出血等不适症状，需要通过B型超声波检查才能被发现。生理性卵巢囊肿主要是排卵之后黄体形成，受内分泌的影响，黄体没有萎缩而引起的生理性囊肿。一般会在月经干净后出现明显的缩小甚至消失的情况，生理性卵巢囊肿通常不需要治疗。但是建议患者月经干净以后及时到医院进行复查。
生理性卵巢囊肿，通常发生在排卵周期的育龄妇女，但不管用药不用药，通常会在3个月内自行消失，大部分是良性的，能自行消退无需手术，但如果囊肿较大或进行性增大，或破裂。则也该手术切除。
卵巢囊肿是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，生理性的更不需要治疗，但是要注意不要吃辛辣刺激性食物和生冷食物。不能服用避孕药和激素药物。年龄一般不需要手术治疗。
生理性的卵巢囊肿主要是因为卵泡成熟以后没有正常排卵，趋于黄体化，变成黄体囊，在月经干净后可以自行消退。可以在月经干净后3-7天之内做B超，多数情况下B超看不到生理性黄体囊。在怀孕时也会出现生理性的黄体囊，怀孕以后卵巢不排卵也会去黄体化，出现生理性的黄体囊，在怀孕三个月以后，卵巢囊肿就可以自行消退。
卵巢生理性囊肿是不用治疗的，因为主要是排卵之后形成的黄体，那么黄体没有正常的萎缩又由于黄体内部压力的关系，有少量的出血就会相对增大，表现为囊肿，这种囊肿的直径不会大于五公分，而且不会引起任何症状，在月经干净以后，会明显缩小，直到消失，所以不用药物治疗，也不用给予特殊处理。
生理性卵巢囊肿主要是等待观察治疗。
等待观察囊肿是否自动消退是生理性卵巢囊肿的治疗方式。生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿不一样，生理性卵巢囊肿患者的囊肿大多比较小，在几个月内会自己消退，患者可以观察一段时间，无需进行手术治疗。除非发生病变，则需要手术的介入。
生理性囊肿患者主要是观察为主，在观察期间要注意避免情绪起伏过大，多做舒缓的运动增强体质，但要避免过于激烈的运动。