一般情况下，药物流产第三天肚子疼是正常的，通常是药物使子宫收缩引起的反应。
药物流产主要是在医生指导下服用米索前列醇、米非司酮等药物进行的。一般药物流产第三天会出现肚子疼的症状，而且是规律性的疼痛，这个是正常的反应，是药物作用下引起子宫收缩，这样才能帮助排出体内的胚囊组织，进而达到药物流产的目的，否则有可能会出现流产失败的情况，所以目前建议尽量不要过于担心，适当放松心情，继续观察流产的情况。
一般情况下，流产小肚子疼是正常的。
患者不论是进行自然流产、还是药物和手术流产，多会引起腹部疼痛的症状。主要是由于子宫剧烈的收缩，体内激素水平突然下降，刺激子宫黏膜后引起的一种症状，也可能是流产引起的盆腔炎和子宫内膜炎，如果发生这种情况，需要立即的给予抗生素治疗，治疗期间患者要尽量穿纯棉、透气的内裤，保证充足的睡眠时间，有助于病情的恢复。
流产后肚子疼可能是以下原因造成的：
1.正常情况:流产后伴随妊娠组织物排出,出现子宫收缩,属于保护机制,因为整个子宫肌肉呈现交叉生长,而子宫血管内子宫肌层穿插造成的。
2.术后感染，感染主要表现为腹痛，阴道少量出血，并且伴有异味。
3.流产不全，腹部会出现阵发性的疼痛。所以，当流产后出现肚子痛时，一定要引起足够的重视，及时就诊。
在流产后会有一些腹部疼痛，这是由于在人流的时候会对子宫内膜造成伤害，而且还必须进行宫腔内的手术，这样会对子宫造成伤害，而且还有一些伤口，这种伤口会随着麻药的作用而疼痛。而且在做完流产手术后，会有子宫收缩，同时也会引起小腹疼痛。如果出现腹痛的情况，很有可能是子宫受到了影响，要立即进行治疗。
要保持充足的睡眠，不熬夜；远离吸烟环境；勤洗澡，避免盆浴，每日洗外阴，勤换内裤；保持口腔卫生，每天刷牙，饭后漱口。
流产后肚子疼的原因。
流产后肚子疼，一般认为是因为堕胎后蜕膜组织脱落造成的，女性体内的前列腺激素的分泌增多，或者是因为子宫的缩小而造成腹部的疼痛。流产后腹部持续疼痛，伴有肛门坠胀、发烧等症状，应与流产术后盆腔炎症有关。
但要严格遵循医嘱用药，学习药物的正确用法和注意事项，一旦出现不适，需停药并及时告知医生，以便医生进行药物调整，防止耽误治疗。
通常在进行流产手术2-3天之后就会发生阴道出血、下腹疼痛等症状，这就是术后子宫收缩痛。
若手术后2周病人仍可感到下腹部酸痛，则可由下列因素造成：
1.手术后感染，可由手术造成，终究还是宫腔使用器械操作所致。还可因病人不注意个人卫生而引起性生活，或游泳。
2.子宫穿孔时，术中病人突然有强烈腹痛感，少数病人可无痛感。
3.宫腔积血多出现于手术后数小时内，病人可感到腹部疼痛，阴道内流出少许血水。
4.宫腔内有残留，术中未将胚胎组织绒毛及脱膜组织完全清除所致。