一般来说，巴氏腺囊肿通常会长期存在，如果没有明显症状，建议以观察为主；如果囊肿较大，影响了正常生活，可以考虑可以行囊肿造口术，可以通过使用二氧化碳激光造口术进行治疗，而且造口之后最好放置引流条，同时建议在医师指导下使用碘伏进行每天冲洗，防止术后粘连。如果出现脓肿，则需要尽早切开引流，以缓解疼痛。
建议患者保持局部卫生清洁，如果有感染，可以选择使用喹诺酮类、头孢菌素等药物进行治疗。
巴氏腺囊肿自己破了的话要做局部敷料处理，同时要保证引流的顺畅，使内部的渗出物完全的排除，要进行局部消毒，平时要多吃新鲜的水果和蔬菜，可以用生理盐水进行局部清洗，保证将囊肿液清洗干净，平时注意外阴的清洁卫生。
孕妇患巴氏腺囊肿，是巴氏腺管阻塞还有局部感染造成的。要先去妇科做详细检查，如果病情轻微，就不需要治疗，如果病情严重，可以选择开放引流治疗。有些病人好后会复发，有的则不会。保持良好的心态有助于病情的恢复。
是由于巴氏腺管堵塞而引起的。当巴氏腺囊肿破溃以后，是去当地正规医院的妇科门诊进行详细的检查，取些分泌物做细菌培养确定病原体，根据化验结果选用抗生素口服或者是肌肉注射。
巴氏腺囊肿复发了，注意积极的应用药进行治疗，同时要注意进一步检查了解是否有糖尿病以及其他疾病的原因导致的这种症状。平时生活中一定要注意卫生，防止细菌感染，从根本上阻断感染的来源，以免再次复发。
不妨碍日常生活的，就不用治疗，定期观察就行，如果囊肿逐渐长大，或反复感染，经常形成脓肿，可通过手术进行治疗。巴氏腺囊肿前庭大腺囊肿系因前庭大腺管阻塞，分泌物积聚而成。在急性炎症消退后腺管堵塞，分泌物不能排出，脓液逐渐转为清液而形成囊肿。