可能是甲状腺疾病：如自身免疫性甲状腺疾病、萎缩性甲状腺炎、产后甲状腺炎等导致的。也可能是非甲状腺疾病：如弥漫性结缔组织病也可见抗甲状腺过氧化物酶抗体增高。也考虑是生理性增高：正常老年女性可能会有抗甲状腺过氧化物酶抗体轻度增高的现象。
甲状腺抗过氧化物酶抗体升高，提示以下几点。
第一，自身免疫性甲状腺疾病，如桥本甲状腺炎、毒性弥漫性甲状腺肿，也就是Graves病。
第二，其他自身免疫性疾病也可表现为甲状腺抗过氧化物酶抗体升高，如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮。
甲状腺抗过氧化物酶抗体主要是甲状腺细胞受损后，细胞内甲状腺过氧化物酶进入血液，刺激机体产生自身免疫性甲状腺炎的标记抗体，与甲状腺球蛋白抗体的临床意义相同，但甲状腺过氧化物酶抗体的敏感性和特异性高于甲状腺球蛋白抗体。
抗甲状腺过氧化物酶抗体高，在多种自身免疫性甲状腺疾病中，都会出现升高，但是其升高的程度是不一样的。如果升高比较明显，要首先考虑自身免疫性甲状腺炎，比如桥本甲状腺炎。如果是轻度或者中度程度的升高，则考虑甲亢等疾病。所以甲状腺过氧化物酶抗体的水平，可以与其他甲功指标综合评估甲状腺疾病的病因。
甲状腺过氧化物酶抗体低，往往是正常的生理现象，不是疾病。
甲状腺过氧化物酶是甲状腺微粒体的主要抗原成分，其功能与甲状腺激素的合成有关。抗甲状腺过氧化物酶抗体的存在可能损伤甲状腺细胞。因此，正常人体内可以或存在较少的该抗体。抗甲状腺过氧化物酶抗体低，伴血清免疫球蛋白减少，经常感冒，可能与自身免疫力低下有关。建议患者养成生活习惯，避免熬夜，适当进行慢跑、跳绳、游泳等运动，增强体质，提高机体免疫力，改善状况，有助于防病。
甲状腺过氧化物酶抗体升高，多见于自身免疫性甲状腺疾病。特别是桥本氏甲状腺炎和弥漫性甲状腺肿，伴随甲状腺功能的抗体均有上升的可能，桥本氏甲状腺炎多上升。这是因为机体将甲状腺变为抗原，产生甲状腺自身抗体，往往有抗甲状腺球蛋白抗体、抗微粒体抗体、促甲状腺激素受体抗体。
桥本氏甲状腺炎的过氧化物酶抗体、球蛋白抗体、微粒体抗体涨幅非常高，弥漫性甲状腺肿轻度升高。在系统性红斑狼疮、多发性肌炎等自身免疫性疾病中，即使是这些自身免疫性疾病，由于机体对自身组织的认识不明确，也有可能产生抗体而发生疾病。发生抗体上升时，确定是什么疾病导致的抗体上升，并进行对症治疗。
甲状腺过氧化物酶抗体升高可能是因为桥本甲状腺炎或是毒性弥漫性甲状腺肿导致的。平时饮食应该多摄入优质蛋白、例如说鸡蛋牛奶等，应该尽量减少吃海带紫菜以及海产品，同时避免食用碘盐。