甲减出现后，终生口服甲状腺激素制剂治疗。主要有干甲状腺片、左甲状腺片两种。
干甲状腺片是动物干制剂，由于其中甲状腺激素含量不稳定且T3含量过高，目前普遍采用的是左甲状腺片，而不是干甲状腺片。一般早晨空腹口服，少量定期复查甲功，根据甲状腺激素水平逐渐调整剂量，直到血液中甲状腺激素和促甲状腺激素调整到正常范围内。正规治疗后，患者一般预后较好，可长期生存，不影响甲减患者的工作、生活和生育，但维持治疗期限须每半年复查甲状腺功能。
可通过药物治疗，将血清甲状腺素正常而促甲状腺素值升高的情况称为亚甲减，亚甲减症状并不特异，多表现为甲状腺肿大，目前人认为，仅TSH值升高，即使无临床症状通常也可诊断为亚甲减。
先天性甲状腺功能减退症没有特异性方式治疗，此类疾病常常是有基因缺陷的情况，疾病需要尽早选择药物维持治疗，积极改善甲状腺功能状况正常，避免出现影响神经系统发育。建议，临床疾病应该是一种先天性功能缺陷，临床疾病需要听取经治医生的建议治疗，临床疾病治疗时机很重要，尽量早期选择药物治疗。
女性甲状腺机能减退症一定要积极治疗。
女性在备孕或怀孕期间出现甲状腺功能减退症，应积极治疗，使促甲状腺激素TSH控制在妊娠目标值内。因为女性在怀孕期间并发甲状腺功能低下症的话，会影响胎儿的发育，严重的话，会导致痴呆儿童患者的出生。因此，性同志未准备怀孕或非孕期出现甲状腺功能减退症时，可结合TSH水平和甲状腺过氧化物酶抗体及甲状腺球蛋白水平进行进一步观察。TSH大于10者，应积极治疗。准备怀孕或者怀孕的，应当积极治疗，定期监测。
两手掌心紧按两耳外耳道，两手的食指、中指和无名指分别轻轻敲击脑后枕骨，共60下。然后掌心掩按外耳道，手指紧按脑后枕骨不动再骤然抬离，这时耳中有放炮样声响，如此连续开闭放响9下。以上算作1回。每次可作3回，每天可作3次。可缓解甲减耳鸣。
生儿促甲状腺激素偏高要密切观察新生儿的身体状态，如果出现体长较同龄儿矮小，生理性黄疸时间延长等应该定期复查TSH，甲状腺激素的水平。新生儿促甲状腺激素一般是处于波动的状态，十天左右达到一个平衡状态，是由于新生儿甲状腺功能不稳定出现的生理性升高。