根据患者甲状腺多发胶质囊肿的体积、大小、具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法。具体如下：
1、甲状腺多发胶质囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期进行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，暂时无需特殊处理。
2、甲状腺多发胶质囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩超检查提示囊肿纵横比大于1，且有明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性胶质囊肿病情较严重，需及时手术治疗。
近年来，随着生活水平、节奏、压力的增高，发现甲状腺结节的人越来越多，多为甲状腺胶质囊肿，超声下表现为囊性结节，中间可见称为胶质晶体的亮点。这类疾病不需要特别的治疗。其实是生理状态的反应，所以不需要太多的医疗干预。但是，超声波诊断多被解释为结节内的钙化灶，有时会被误认为是甲状腺恶性肿瘤。
因此，对于甲状腺神经胶质囊肿，首先要做出正确的判断，如果确定甲状腺神经胶质囊肿不予治疗，只需给予临床观察。对于甲状腺胶质囊肿，患者应减轻心理压力，在此过程中主要定期观察。胶质囊肿生长缓慢，每年行一次超声检查即可，如无增大趋势，生活方式调整有缩小趋势，可能消失，为可逆性病变。
双侧甲状腺多发囊肿的治疗方法如下：
一、甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩超检查提示囊肿有纵横比大于1且明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。
甲状腺多发性囊肿是要通过手术治疗的，大多是由于结节性甲状腺肿引起的。如果结节不大，没有明显症状，需要定期做复查。如果病情严重的话，就需要及早考虑手术治疗。即使没有异常症状，还是会影响到生活和工作，也是需要进行手术。
可以采用手术治疗，这种多发性疾病多是良性疾病，可以观察，但是这个出现明显的症状，比如吞咽困难，说明肿块已经压迫到食管了，这样的话，就需要手术切除这个囊肿了。在手术之前还要进行一次检查，来制定治疗方案。
临床上，根据患者甲状腺多发性囊肿的体积、大小，根据囊肿的具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法：
一.甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩色多普勒检查提示囊肿有纵横比大于1且明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。