卵巢囊肿可以分为良性、恶性和交界性，鉴别卵巢囊肿良可以从以下几方面来看：首先可以根据患者的症状进行判断，如果卵巢囊肿生长比较缓慢，良性的可能性较大；若卵巢囊肿在短时期内迅速生长，恶性的可能性就会高一些。其次，可以根据影像学判断，做超声磁共振或者CT可以判断，如果含有囊性的液体，考虑良性的可能性大，如果里面为实性的东西，那么恶性的可能性较大。最后，可以也可以根据病人的身体状态来判断，如果是恶性的肿瘤，患者会迅速出现消瘦、体重下降等症状。
彩超，子宫后位，正常大小，实质回声均匀，内膜厚0.8厘米，宫颈后壁见多个囊肿，较大0.6*0.5厘米，左卵巢内见4.4*3.7厘米囊肿，内见较多分隔及细点状回声，分隔上未见血流信号，右侧附件区未见明显占位性病变，子宫后方见深度1.0厘米液性暗区。CA125值为7.7，TCT检测正常，有霉菌性阴道炎，但提示可能HPV感染。
卵巢囊肿恶性者有时为双侧，不活动，与周围组织常有粘连，部分为实性，表面不光滑，可能穿破包膜，种植在腹腔或盆腔内，在子宫直肠陷凹处可触到固定的结节，常伴有血性腹水，如抽吸腹水检查可能查到癌细胞。
卵巢良性肿瘤一般病程长，生长慢，多为单侧，活动，囊性多见，表面光滑，无腹水，B超检查为液性暗区，边缘清晰。卵巢恶性肿瘤病程短，生长快，多为双侧，实性或囊实性，表面不光滑结节状，常有腹水，多为血性，可查到癌细胞，B超检查回声杂乱，边缘不清晰。
恶性卵巢囊肿早期一般没有什么特殊症状，晚期的时候会出现消瘦贫血等恶病质的表现。还会出现腹胀，腹部肿块以及胃肠道的症状，肿瘤向周围组织侵润或者压迫，可能会引起腹痛腰痛或下肢疼痛，压迫到盆腔静脉，可以出现下肢浮肿。有时可以在腹股沟，腋下或锁骨上触及肿大的淋巴结。
卵巢囊肿恶变的典型表现为原有的卵巢囊肿突然增大或突然出现腹水，病人本人出现乏力、消瘦等症状，此时需高度怀疑卵巢囊肿有恶变的可能。相比于其他系统的肿瘤，卵巢肿瘤不易被发现。