腱鞘囊肿不会自愈，需要及时在医生指导下进行治疗，具体分析如下：
腱鞘囊肿是一种囊性肿物，是在关节腱鞘中出现的，通常是因为长期劳损，导致滑膜腔中的滑液增加，最后形成腱鞘囊肿。腱鞘囊肿未经过任何治疗，一般会逐渐变大，也有少部分病人会受到外力的压迫，造成囊肿破裂，包块消失，临床症状减轻。但是由于囊壁还在，这个囊会在将来重新生长。所以在这种情况下，腱鞘囊肿要想完全根治，还是要进行外科手术，将囊壁完全切除。
一般来讲，宝宝的腱鞘囊肿可以自己愈合，要多休息，尽量不要给孩子做推拿和按摩，要让孩子的手指腕上多休息，尽量不做剧烈的运动。如有可能会慢慢变大，可用手指挤压，并在需要时做外科手术。小儿腱鞘囊肿是指在关节腱鞘中的囊性包块，虽然有自愈的可能性，但也可能不会自愈，还是应该及时就医通过物理疗法、手术等方式来治疗。
腱鞘囊肿部分可以自愈，有一部分严重的不能自愈。
肌腱囊肿与腕部的过度疲劳、或是长期患有关节炎等相关的病症有关，其中腱鞘囊肿与其它的病症相比具有自我修复的趋势，一些不需要进行有效的处理就会自行消失。腱鞘囊肿并不是特别的严重，可以通过推拿来减轻肿痛。如果病情加重，并且腱鞘囊肿过大后很难恢复，并且会造成更大的损伤。
因此，如果是不能自行消失的腱鞘囊肿，可以通过针灸和外科的方式来进行，而外科治疗通常是用于针灸来解决无效的。
是不会自愈的，婴儿出现腱鞘囊肿不可能会自己吸收或者消失的。但是可以用挤压的方法把囊肿挤破，从而把里面的液体挤出来等组织吸收之后，那么囊肿会缩小，但是要令整个囊肿的包膜去除，必须要考虑手术完整的切除才行，如果通过击破的方法通常有可能会复发。
如果腱鞘囊肿患者没有出现明显不适症状，可以不进行特殊的治疗。若出现不适症状或并发症时布不治疗，可能会导致病情加重。
腱鞘囊肿是一种良性的肿瘤，一般不会对人体产生任何的伤害，所以不需要特别的处理。但如果是大关节的腱鞘囊肿，会影响到关节的运动，尤其是扩张之后会压迫到神经血管，那么囊肿就需要进行特殊的治疗，将腱鞘囊肿去除，以消除压迫组织，恢复四肢的运动，缓解四肢的麻痹，改善四肢血液循环。
脚底腱鞘囊肿一般不会发生癌变，而足底这一部位的腱鞘炎和腱鞘囊肿属于一种常见的类型，一般预后都很好。
但是如果出现了长期的皮肤溃疡、坏疽或者是其他的皮肤病变，有可能发生癌变，大部分的腱鞘囊肿的预后都很好。在足底，如果出现腱鞘炎、腱鞘囊肿，会出现剧烈的疼痛、肿胀、活动受限等症状，早期的医疗措施可以很快得到改善，而且对以后的活动也没有什么影响。