肺孢子菌肺炎治疗首选方法是药物治疗。比较常见的药物可以选择复方磺胺甲恶唑，要选择早发现早治疗的方式，让身体快速的恢复，通过早期的判断能够查看出病情的轻重程度是比较重要的。如果病情持续的发展导致越来越严重，通常是没有太好的特效药物改善。患者出现肺孢子菌肺炎，通常是肺孢子菌导致了间质性细胞炎症，这些情况是很少见的。
可以短期内适当的使用糖皮质激素，应该适当的卧床休息，维持正常的生命体征，保证稳定正常的水电解质、酸碱平衡。在出现缺氧状态时可以适当的吸氧，保证孩子呼吸道的畅通。
肺孢子菌肺炎的饮食和护理要注意多补充营养，多吃高热量、高蛋白、高维生素的食物。多喝水，不吃辛辣、生冷的食物，多吃橘子、香蕉、苹果、梨等新鲜的水果。护理方面，主要是为了避免交叉感染，需要密切观察，并在必要的时候使用药物。建议患者应该适当的卧床休息，维持正常的生命体征，保证稳定正常的水电解质、酸碱平衡。
肺炎链球菌肺炎治疗的首选抗生素药物有青霉素和头孢菌素。肺炎链球菌的首选是β-内酰胺类抗生素。这种抗生素主要针对细菌的细胞壁，可以破坏细菌细胞壁的完整结构，杀灭肺炎链球菌，获得良好的治疗效果。酰胺类抗生素有过敏反应，选择其他类型的抗生素，如大环内酯类抗生素或氟喹诺酮类抗生素，或选择肽类等药物治疗。在日常生活中还应该注意清淡饮食，避免辛辣刺激性的食物。
治疗克雷白杆菌肺炎首选的药物有头孢和抗生素。如果患者患有颗粒白杆菌肺炎，就会出现咳嗽高烧的现象，对于肺炎克雷伯菌感染引起的肺炎，首选头孢类抗生素，其次是抗生素联合氨基糖苷类，如头孢曲松联合阿米卡星。肺炎克雷伯菌是一种革兰氏阴性杆菌。一般感染后，可出现咳嗽、咳痰、果冻样砖红色痰为其特征性临床表现。经抗生素治疗后预后较好。