咳嗽肩膀疼的原因是由于咳嗽引起的剧烈震动，拉扯到肩膀的神经而引起的疼痛。结合自身疼痛的情况，如果比较严重，需要及时到医院做拍片检查，明确病因后，在医生指导下选择合适的药物进行改善，在改善期间也需要多喝一些温开水，并且以清淡的饮食为主，如果症状比较严重，也可以在医生指导下通过口服止咳药物缓解。缓解期间也需要多卧床休息，不要熬夜。
咳嗽是整个胸部肌肉神经共同作用的结果，如果只是咳嗽时出现左肩胛骨疼痛，应该是牵拉神经肌肉或者胸膜导致的。建议到医院完善胸片检查，排除胸膜炎、气胸、肺部感染可能。
咳嗽右边胸口疼可能是因为肺炎、肺结核、气胸、肺肿瘤等疾病引起的，由于引起咳嗽右边胸口疼的病因，在无法确定病因的情况下，最好及时到医院进行胸片检查和胸部B超明确具体的病因后再进行针对性的治疗，如果是因为肺炎引起的，需要应用抗生素来治疗，如果是因为肺结核引起的，需要进行抗结核治疗，如果是因为气胸导致的，需要进行胸腔穿刺手术，如果是肺肿瘤，就需要进行手术切除手术。
肺部感染的炎症刺激会引起咳嗽肺底痛。咳嗽期间有肺部底部疼痛的症状，需要考虑如下因素：
1、咳嗽时肺部有疼痛感，要密切关注是不是咳嗽导致膈肌受损，导致肺部疼痛。
2、咳嗽时肺部有疼痛感，要考虑是不是双下肺的炎症，侵犯了膈肌和肺底的胸膜，导致肺部疼痛。
3、咳嗽时肺部疼痛，要考虑是不是双侧胸膜炎，这种患者在剧烈的咳嗽和深呼吸中会感觉到肺部的疼痛，而当患者停止咳嗽或憋气后，则会减轻胸痛。
是咳嗽的时候对腹部肌肉牵拉比较严重，很容易发生肌肉酸疼，所以会出现小腹左边疼的症状，止咳化痰的治疗效果往往比较好。出现肠系膜淋巴结炎，也会出现小腹左边疼的现象，做腹部B超的检查往往可以确诊。
咳嗽时肚子疼，考虑与反复的咳嗽导致腹肌痉挛、腹肌疲劳引起的，如咳嗽、痰比较少或无痰时，可口服镇咳的药物进行治疗，如咳嗽有痰，痰液粘稠不易咳出时，可加用止咳化痰药物进行辅助恢复。