上气道咳嗽综合征治疗方法包括，基础疾病的治疗，过敏治疗。对于过敏性鼻炎的患者，首先要避免接触过敏原，同时要改善居住环境，保持环境的清洁卫生。如果是化脓性鼻窦炎引起的上气道咳嗽综合征，通常需要进行鼻喷糖皮质激素以及抗菌药物来进河进行治疗，根据病情的轻重程度，通常需要2~4周的时间，在治疗期间应定期到医院复查。
孩子咳嗽可以使用蒲地蓝消炎口服液、四季抗病毒合剂等治疗。儿童咳嗽可能是因为感冒病毒引起的上呼吸道感染。首先要给宝宝吃一些抗病毒的药，如：蒲地蓝消炎口服液、四季抗病毒合剂、阿昔洛韦等。可以口服小儿清宣止咳颗粒，肺力咳合剂，复方鲜竹沥液等。服用完药后，如果孩子的咳嗽不能得到改善，可以到医院做一下血常规，看是否有白细胞增高。
可以使用消炎类的药物，比如细菌性感染可以静脉点滴抗生素。还需要使用平喘的药物，如果是支气管痉挛引起的咳嗽和喘的现象，需要使用支气管扩张剂进行治疗，进行雾化治疗。
治疗咳嗽，首先要找到引起咳嗽的病因。常见引起咳嗽的原因有感冒、支气管炎、肺炎、过敏性鼻炎、支气管哮喘、支气管扩张、肺结核、肺癌、吸入花粉和尘螨、胃食道反流、尿毒症肺浸润、肝脓肿、隔下脓肿影响胸膜及肺部等。需要到医院做相关检查，明确诊断后进行对症治疗。
多喝药草水、柠檬水或热水，可以在里面加一勺蜂蜜。这些热饮可以稀释喉咙中黏稠的黏液，蜂蜜可以覆盖喉咙表面，从而抑制咳嗽，在热水淋浴期间吸入蒸汽。蒸汽滋润空气，吸入会稀释喉咙里黏稠的黏液。盐水冲洗。盐对口腔有消毒作用，可以打开喉道，使呼吸顺畅。
对于感冒后咳嗽的治疗，首先还应就医检查明确病因后，根据相关病因来制定治疗方案。例如由于细菌感染所致的咳嗽，尤其是并发了急性支气管炎的，就需在医生指导下采用抗生素药物来进行治疗，可选用阿莫西林、头孢呋辛等药物，并给予止咳化痰药物，包括盐酸氨溴索、喷托维林等来进行联合用药治疗。如果是仅出现干咳或伴咽喉部瘙痒情况的，则考虑是感染后咳嗽，需使用复方甲氧拉明胶囊等药物来治疗。