儿童做支气管镜的危害有麻醉风险、呼吸困难、缺氧等。小儿支气管镜一般不会配合，一般会有以下几种危险因素：
1、麻醉风险：麻醉时有可能发生麻醉事故，有时麻醉后会有后遗症。
2、呼吸困难：由于孩子不配合检查，会导致咽喉水肿，呼吸困难。
3、缺氧：一些具有高度反应能力的儿童，可发生严重的支气管痉挛，造成缺氧，甚至有生命危险。
麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
顽固性，刺激性咳嗽，咯血或者痰中带血，不明原因的局限性哮鸣音。肺部感染性疾病的深部标本的获得，清除气管支气管内的分泌物和痰栓，怀疑支气管结核或者肺结核的诊断。肺部弥漫性病或者间质性疾病变不能确诊时，通过支气管镜活检或者灌洗帮助诊断。气管、支气管内异物。吸入性烧伤者了解气道情况。引导气管插管。
支气管镜肺泡灌洗的危害包括麻醉过敏，支气管痉挛，严重会导致休克等。
支气管肺灌洗的危害有麻醉药物过敏，主要表现为胸闷、心悸等，严重时呼吸抑制，心脏骤停。麻醉不充分，操作不当时可引起喉头水肿与喉支气管痉挛。支气管镜可损伤鼻黏膜及支气管黏膜，从而导致出血。灌洗的过程中，患者频繁的咳嗽，不能保证正常深呼吸或空抽及负压吸引时间过长，可导致低氧血症。合并有肺气肿、肺大疱及广泛胸膜粘连的患者在行该检查时有发生继发性气胸的风险。支气管肺泡灌洗过程中的刺激可导致心律失常，血压升高，甚至休克等。
建议患者在医生的指导下进行支气管镜肺泡灌洗。日常注意口腔卫生，多喝水，保持良好的作息习惯，饮食清淡。
支气管镜检查有适应证和禁忌症，适用于支气管疾病的检查，患者出现不明原因的胸腔积水时，使用支气管镜检查是比较好的，但是支气管镜检查也有禁忌，一些有心血管疾病的患者，是不能进行支气管镜检查的，还有一些出现严重气胸、有严重感染性疾病的患者，都不适合进行支气管镜的检查，除此以外，腹主动脉瘤严重的情况下，也不适合支气管镜检查。
纤维支气管镜检查的禁忌症主要包括大咯血、严重心肺功能失常、合并急性心肌梗塞以及严重呼吸困难。纤支镜检查的禁忌症是相对的，临床上并没有绝对禁忌症，包括大咯血和严重心肺功能衰竭，通过气管插管抢救之后，如果有需要，仍然可以在床旁进行纤支镜检查。这种检查是将细长光导纤维支气管镜经口或经鼻伸入下呼吸道,经过声门进入气管和支气管及更远端,直接观察气管和支气管病变,根据病变进行相应检查和治疗。