一般情况下，治疗儿童结膜炎的眼药水有盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。
如果是细菌性结膜炎引起的，这种情况可以遵医嘱使用抗生素类的滴眼液给儿童使用，比如盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。如果是病毒性结膜炎引起的，这种情况通常需要遵医嘱使用抗病毒的药物进行治疗，比如利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。如果是过敏性结膜炎造成的，则可以遵医嘱给儿童使用色甘酸钠滴眼液或者盐酸氮卓斯汀滴眼液进行治疗。
儿童结膜炎的早期处理原则与成人相同：
1.首先要从病史、症状、分泌物特征、眼部症状等方面进行鉴别。
2.根据不同的结膜炎，医生会给出不同的治疗方法，比如病人的黄白色、粘稠，早上起来会粘在上下睫毛上，导致睁眼困难。
3.遵照医生的指示，按时服药。
4.如有大量的分泌物，在使用药物之前要用干净的棉签擦拭，注意不要接触眼睛，避免造成角膜损伤。
一般情况下，儿童结膜炎一周左右就能够恢复。
结膜炎是由于感冒受凉，细菌或病毒感染导致的，可以造成眼睛充血，分泌物增多等症状，需要眼睛局部应用抗病毒以及消炎的眼药水。同时建议患者应注意儿童的护理工作，避免儿童用手揉眼睛，同时建议患者应单独休息，避免传给其他儿童。治疗期间家长要注意给宝宝保暖，适量喝温热水，促进新陈代谢，有利于促进宝宝身体恢复。
儿童结膜炎一般是由于外部感染和药物使用不当引起的，如果不及时治疗，会导致更严重的后果，因此在小儿结膜炎的时候要多加注意。
如果孩子得了结膜炎，父母要注意，要为他准备一条毛巾，而不是一家人共用一条，以免发生交叉感染，要经常清洗宝宝使用的毛巾，以免引起细菌滋生，同时也要确保与孩子的眼睛有直接的接触。
在饮食上要避免给孩子食用辛辣的食物、垃圾食品和助热性食物。宝宝处于发育阶段，新陈代谢比较强，要多给宝宝补充营养，多运动，增强抵抗力。
一般情况下，妊娠妇女都会使用一些抗菌药物来治疗疾病，如青霉素类、头孢菌素等。
抗生素对细菌性结膜炎有优良的疗效，对病毒性结膜炎的治疗虽然无效，但还有防止细菌感染。在怀孕期间，由于胎儿的不断发育，身体抵抗力会越来越弱，很容易受到病菌和病毒的侵害而引起炎症，导致眼部发炎或视力下降等症状。因此，孕妇患结膜炎的话，眼药水和眼药膏都要专人专用。另外，在用药时要注意避免使用刺激性药物和激素类眼药品种，因为激素有刺激眼部黏膜和结膜细胞生长等不良反应。
小儿结膜炎主要表现为眨眼，通常情况下，孩子的结膜炎眨眼的次数会更多。根据患者的症状和病程，可以分为急性期、亚急性期和长期期三种类型。按照发病原因，可以将其归类为细菌性、病毒性、衣原性、真菌性和过敏性等。结膜炎、慢性滤泡性结膜炎、膜性及假膜性结膜炎等疾病均可按其病理特征进行分类，然后进行针对性的治疗，改善结膜炎导致的情况。