通常情况下，生殖器上有水泡，主要是因为生殖器疱疹，也有可能是因为带状疱疹侵犯了生殖器，或是水痘等病毒。但最常见的还是单纯疱疹病毒感染的生殖器疱疹，一般都是通过性接触传染的，局部的症状是成群性的水疱，并伴有轻微的瘙痒、灼痛。
如果患者是第一次感染，一般时间比较长，患者需要两个星期左右，然后病毒会潜伏在局部的神经节中，一旦身体的免疫力降低，单纯疱疹病毒就会再次激活，从而引起疱疹的复发。因此一般生殖器部位的疱疹是一种性病，很容易复发，而且很难治愈。
一般情况下，生殖器上有水泡可以采取药物治疗、日常护理等方式缓解相关症状。
1.药物治疗：生殖器上有水泡可能是感染了生殖器疱疹病毒，需要在医生的指导下使用药物进行治疗，常见的有阿昔洛韦乳膏、喷昔洛韦凝胶等。
2.日常护理：在日常生活中，患者需要养成良好的生活习惯，避免熬夜和过度劳累，同时还应保持清淡的饮食，少吃辛辣刺激性食物。
一般来讲，生殖器上有小水泡，主要是由于生殖器疱疹病毒引起的，这种病毒会通过性接触传染，感染后会在阴茎、阴囊、冠状沟、外阴、腹股沟、肛门等处长出透明的小水泡，水泡内液体清澈，但伴有明显的瘙痒和刺痛，可以使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物进行抗病毒治疗，局部使用干扰素软膏进行抗病毒治疗，一般情况下10天左右就会好转。
男性生殖器上有水泡属于生殖器疱疹所致，生殖器疱疹是一种复发率高，难治好的性传播疾病之一，它是由单纯性II型疱疹病毒引起，这种病毒相当顽固，要治好必须把以内的毒素彻底杀死即可不再复发。
考虑是龟头炎和生殖器疱疹引起的，生殖器疱疹主要表现为生殖器出现水泡样疱疹，并伴有瘙痒疼痛等这种情况你应该到医院做相关检查，根据不同的情况采取不同的治疗方案。
考虑是生殖器疱疹,生殖器疱疹一般都会有明显的水泡出现，是病毒感染引起，容易出现复发性，可以口服阿昔洛韦,多糖蛋白坚持一段时间，同时注意休息，加强锻炼，提高抵抗力,避免复发。