一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。
指甲凹凸不平情况，很有可能是指甲患上了病。最有可能的就是指甲营养不良或者是灰指甲，甲营养不良表现为甲板变薄，或是出现甲纵纹、甲横纹、凹凸不平小点，严重时出现甲分离，或者表现为甲肥厚、易碎裂、无光泽等。
孩子指甲凹凸不平，常见的原因主要包括长期的缺乏营养，贫血或者是体内缺乏辛硫蛋白质等微量元素，可以做微量元素检测，可以明确。指甲凹凸不平，还有可能是灰指甲，因为真菌感染可以破坏甲床。
手指甲盖凹凸不平常见由甲癣、缺乏维生素A等因素引起。
1、甲癣：手部卫生条件差就可能患有甲癣，该疾病容易导致病甲出现变形、浑浊、增厚、分离、变色等情况，所以可能表现为手指甲盖凹凸不平，可遵医嘱使用环吡酮胺乳膏、盐酸特比萘芬溶液等药物治疗。
2、缺乏维生素A：患者存在长期挑食的情况导致体内缺乏维生素A，便容易使得角质化减弱，导致指甲出现变软、变薄、易断裂、变形等症状，因此缺乏维生素A也可能造成手指甲盖凹凸不平，通常可适当多吃胡萝卜、菠菜、鸡蛋等富含维生素A的食物进行改善。
出现手指甲凹凸不平，考虑是缺乏维生素和钙引起的。可以到医院进行微量元素检测，如果确诊是身体缺维生素和钙，可以通过补充钙剂的药物和食物治疗。平时多吃排骨，鱼虾等富含钙剂的食物。也可以血常规及肝肾功能检查看看，排除贫血及肝功能异常。
提示身体可能缺乏蛋白质，微量元素缺乏，多与挑食、偏食有关，这是饮食不规律均衡等原因引起，想要治疗的情况下可通过改善日常的膳食并每天补充多种维生素，另外配合服用维生素B621金维他即可。
