一般情况下，扁平疣变黑可能是色素沉着造成的，具体内容如下：
病毒感染可能会导致患者患有扁平疣，如果患者长扁平疣的部位长期被摩擦，可能会出现色素沉着的情况，导致扁平疣变黑。如果患者扁平疣疣体较小，可以通过外用干扰素类药物、饮食调理、适当运动等方式进行保守治疗。如果长期药物治疗的效果不明显，患者应及时尽快就诊，可以通过激光、冷冻等方式进行治疗，以去除疣体，避免病情进一步发展。
扁平疣是由人类乳头瘤病毒感染皮肤粘膜，而引起的一种良性赘生物，主要通过皮肤粘膜微小破损处，进入上皮细胞内复制、增殖，导致上皮细胞异常分化和增生，引起上皮良性赘生物。
如果是新发的扁平疣出现瘙痒，说明扁平疣处于发展期，传染性比较强，数量可能会增多，要注意平时不能搔抓、摩擦扁平疣，防止自身接种反应。如果是时间久的扁平疣，平时没有什么感觉，突然间出现瘙痒，有可能是体内免疫力抵抗病毒，说明扁平疣可能会逐渐消退。
扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变、人体的免疫炎症反应等原因引起。
1、扁平疣的病变：扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变引起的，扁平疣的病变会影响局部皮肤黑色素细胞的功能，导致黑色素生成增多，使扁平疣变成褐色。
2、人体的免疫炎症反应：扁平疣变成褐色可能是由人体的免疫炎症反应引起的，人体的免疫炎症反应刺激局部黑色素细胞，生成较多的黑色素，会导致扁平疣颜色加深，变成褐色。
身上长扁平疣的情况是很常见的。扁平疣是一种病毒性良性皮肤赘生物，是由人乳头瘤病毒感染而引起的皮肤病。本病发病除了病毒感染以外，也跟自身免疫力有很大的关系，大多都有免疫力低下的情况。扁平疣是一种由自限性的皮肤病，有时是可以自愈的。扁平疣治疗的方法也比较多，可以使用激光，冷冻或者电离子等方法，也可以使用药物治疗。
扁平疣这种病是由人乳头状瘤病毒（HPV）感染引起的，好发于青少年的病毒感染性疾病。临床表现为皮色或粉红色的扁平丘疹，多见于面部和手背，无明显的自觉症状，病程慢性。可通过直接或间接的接触传染。扁平疣的治疗方法，因人而异也因疣生长的部位而异。