通常可以通过特征性表现、检查、试用药物等方式区分真菌和细菌性龟头炎，具体分析如下：
真菌性龟头炎的典型症状是龟头冠状沟及阴茎包皮有白色乳酪样的分泌物，清洗干净后不久又会重新出现，最明显的症状就是阴茎头和阴茎皮肤奇痒灼热。鉴别真菌和细菌性龟头炎的金标准是通过观察龟头分泌物的涂片和细菌培养来判断最终培养出来的致病菌是细菌还是真菌。还可以用百多邦或红霉素软膏，通常情况下，由细菌引起的包皮炎3-7天后会有明显的好转，但真菌性包皮炎并不能缓解，反而会加重。
区分真菌和细菌可以采取以下几种治疗方式：
1、绝大多数的龟头炎都是细菌性的龟头炎,真菌性龟头炎只占极少的部分。
2.真菌性龟头炎常见的特征性表现,是在龟头冠状沟及阴茎包皮出现一些白色乳酪样的分泌物,而且清洗之后很快会再次出现,患者阴茎头和阴茎皮肤奇痒灼热、
建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
区别就在于病毒的感染类型不同以及疾病的表现形式也会有所不同。如果是细菌性龟头炎会感觉到龟头瘙痒，龟头发红，尿道口疼痛，还会有分泌物产生，如果是真菌感染性的问题，生殖器官部位的表现最为明显，所以真菌性龟头炎和细菌性龟头炎的最大区别就在于病毒感染类型完全不一样。
患者可以通过临床症状区分真菌龟头炎和细菌龟头炎，具体分析如下：
包皮过长、包茎、龟头有红肿、疼痛、白色或脓性分泌物等都是细菌性龟头炎。霉菌性龟头炎的症状是豆腐渣样的分泌物，清洗后会出现白色的薄膜，出现红肿，有明显的异味。细菌性龟头炎可以用红霉素、金霉素软膏等药物进行局部清洁。如果是真菌性龟头炎，可以在清洁后使用氟康唑或酮康唑软膏。
真菌感染一般会出现剧烈的瘙痒，龟头表面成干燥鳞屑状。龟头包皮炎可表现为红点，红斑，瘙痒，白屑，糜烂，疼痛。龟头包皮炎大多数由包皮过长引起。每天坚持清水多清洗阴茎龟头几次。如果有包皮过长应去公立医院男科或泌尿外科割包皮。
真菌性龟头炎和细菌性龟头炎症状不同，真菌感染引起的龟头炎表现为龟头黏膜有红斑形成，红斑边缘整齐，表面光滑，并且会出现疱疹表现，同时也会存在有瘙痒的症状。细菌性的龟头炎的致病菌属于化脓性的细菌，会出现龟头红肿、瘙痒，并且会出现龟头黏膜破溃、化脓等典型的表现。