一般情况下，男性生殖器流脓可以采用以下方式进行治疗：
男性生殖器流脓与泌尿道炎症有关，如果有不洁的性行为，有很大的可能是淋病，要去正规的医院做进一步的诊断，淋病可以遵医嘱服用盐酸米诺环素胶囊、阿莫西林片等药物进行治疗。在治疗期间患者还要避免同房，使用热水清洗内裤，忌饮酒，避免食用刺激性的食物，多注意休息，不要过度劳累。
一般情况下，男性生殖器流脓可以去医院挂泌尿外科和男性科，具体内容如下：
泌尿外科是研究泌尿系统及男性生殖系统的一门学科,男性科主要是做男性的专科体格检查,如睾丸附睾触诊,精索输精管触诊是否有压痛等，所以，男性生殖器流脓可以去医院挂泌尿外科和男性科，首先要了解是否有过性生活史，以及流脓的时间、症状等，以便让医生做出初步的诊断，然后通过采集外生殖器的脓汁进行细菌培养、细菌涂片等来确诊，最后再结合临床的诊断进行治疗，建议患者平时做好个人的卫生护理，有利于身体健康。
男性生殖器流脓，通常建议淋球菌性尿道炎，淋球菌性尿道炎属于性传播疾病，是通过不洁性交被传染的，人体的尿道黏膜是淋球菌天然宿主，淋球菌感染以后引起局部的症状，主要表现为阴茎肿胀，排尿时尿道刺痛，尿道有黄色脓性的分泌物增多。
一般是由于化脓性细菌感染引起的。临床上最常见的是淋病双球菌，人体的尿道粘膜是淋病双球菌十分好的宿主，感染人体以后，在尿道粘膜生长繁殖引起局部炎症反应，所以会出现症状。
是龟头炎感染导致的，这种生殖器流脓的情况，很有可能是不洁的性接触感染了淋球菌，支原体，衣原体引起的性传播疾病，目前来讲肯定需要通过尿道分泌物培养明确到底是什么致病微生物感染引起的平时还是注意做好个人的卫生，勤换内衣，没有好转需要做细菌培养检查，化验一下精液常规检查一下具体感染的原因，对症治疗。
阴茎流脓，如果是尿道里流出来的，那考虑是尿道化脓性感染，要脓性分泌物去检查，明确是淋病还是非淋感染，如果是包皮龟头腔里流出的脓，不是尿道口流出，那是包皮龟头炎。建议患者服用左氧氟沙星进行治疗。