肾结石软镜手术通常指输尿管软镜碎石术。一般情况下，输尿管软镜碎石术过程通常不疼，具体内容如下：
对于肾结石患者来说，做输尿管软镜碎石术是要在全身麻醉下进行的，通常不会有疼痛感出现，患者不用太过紧张。术后麻醉结束，患者体内可能会放置导管和J导管，患者可能会出现尿路和腹部的疼痛，但总体来说比较轻微，可以忍受，无需特别治疗。
手术的过程中，通常会有麻醉，没有疼痛的感觉。激光在打石头的过程中，仅仅作用于石头，对人体的软组织不会造成损伤，是不会造成疼痛的。碎石术后，可能由于切口愈合会有轻微的疼痛，一般可以忍受。
肾结石做经皮肾镜手术疼，经皮肾镜碎石术是泌尿外科常用的手术技术，适应于长径＞2cm的肾结石，尤其鹿角型结石。术前首先需要建立皮肾通道，术中需要借助气压弹道碎石，通过纯物理击打将结石击碎。
肾结石碎石后疼的时间是不确定的，因为有结石下来会刺激尿道会出现尿血或是疼痛感的。当输尿管中的结石全部排出时，或者当小结石不足以阻塞输尿管时，疼痛不会发生。勤排尿有助于碎石的排出。
根据损伤程度以及个人体质的不同，对于疼痛分敏感程度也是不相同的。
肾结石开放性手术一般是不会很疼，但也有少部分患者会出现轻微的疼痛，这种疼痛是可以忍受的，不需要紧急的止痉镇痛，一般都是在麻醉结束后进行手术，这样对病人的伤害比较小，恢复速度也比较快，医生会根据患者个人情况结合病史选择适合的手术方式进行治疗。
肾结石微创手术后拔管疼，具体分析如下：
肾结石微创手术后，通常会在输尿管中留置双J管，输尿管手术后，因为手术造成的炎症性水肿，会使血管内的压力增加，从而使局部管腔变窄，从而造成肾脏积水。通常在手术后6-8周进行膀胱镜下拔出，拔管的速度也会比较快，如果能顺利的进入膀胱镜，在2-3秒内就能拔出，会有短暂的疼痛。