一般来说，孕妇在孕期出现了支原体和衣原体的症状，一定要及时处理，否则会造成胎儿的生长异常，严重的还会造成死亡。现在可以在医生的指导下选用的药物是阿奇霉素片，不会对生殖产生什么作用，只要坚持服用2-3个星期，定期进行复查，基本上就可以将其彻底消灭。4-6个星期后，支原体衣原体还是不能变成阴性，可以选择中止怀孕。
此外，孕妇应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入，有助于促进机体恢复。
支原体衣原体感染引起的疾病叫非淋菌性尿道炎，需要使用抗生素进行治疗，用药之前需要进行皮试，到正规性的医院接受诊治。因为具有传染性，治疗期间禁止同房，同时要避免跟家人间接接触感染。
支原体衣原体尿路感染在治疗上主要是针对药敏试验，选择敏感的抗生素治疗。选择敏感的抗生素治疗后，可以是经脉点滴或者是服用，另外，每天穿的内衣服尽量是高温消毒可以热水煮过之后，放在太阳下晒。家里若是有坐便器也要做好消毒工作。平时要注意个人卫生。
支原体衣原体是阳性如果没有发生其他的症状，不需要特殊治疗，因为支原体衣原体呈阳性是正常的携带状态，不代表治病。如果检测出支原体衣原体有生殖道感染或者其他的合并疾病，类似这种情况需要给予积极治疗，在经过治疗以后，支原体和衣原体的携带率能够降下来，从而加速生殖道疾病的康复。如果是孕前检查出现了此病，需要夫妻一起检查，然后再针对病情进行治疗。
感染得的疾病叫做非淋菌性尿道炎，是一种性传播疾病，可以选择做一个药敏试验，然后根据敏感药物进行治疗。需要选择合适的药物抗感染治疗。多种病原微生物同时感染，一般都需要联合使用抗菌药物。
对泌尿生殖道支原体和衣原体感染治疗、多采用四环素类、大环内酯类、喹诺酮类及大观霉素、克林霉素等抗生素、一般疗程为7～10天.如果细菌培养发现有耐药菌株存在，进行药物敏感试验、以便选择敏感药物进行治疗。
