妊娠40多天，出现棕色分泌物的时候，说明胎儿的发育并不是很稳定，要考虑是否有先兆流产或宫外孕的情况。需进行如下处理：
1.建议孕妇到医院做HCG、孕酮、阴道超声等检查，看看是不是宫内孕，查明是否需进行保胎治疗。
2.一般来说，在经过一定的休息和治疗后，如果这种情况逐渐消失，则可以考虑继续怀孕。必要时孕妇可以遵医嘱使用黄体酮来保胎治疗。
3.如果出现下腹部疼痛、阴道出血增多等情况，就会导致不可避免的流产，建议做好相应的恢复护理。
怀孕有褐色血考虑有流产或者早产的倾向。
妊娠时有棕色血性分泌物，考虑流产或早产趋势，因此，应及时排查。在孕期可能会发生一些异常情况，比如阴道出血过多或者是白带增多等。当然，不能排除是患了宫颈疾病引起。另外在妊娠期间会出现腹痛等症状，这些情况都可以根据具体病情来判断是否为宫内感染或者宫外孕。建议要及时排查，通常经进行超声检查及妇科检查就可诊断。在诊断过程中要注意观察是否有胎粪排出，如果没有胎粪排净则说明胎儿已经死亡。诊断后及时调理，尤以早产、流产为多见，必要的时候需卧床休息。
怀孕期间流褐色血，阴道排出的分泌物，出现褐色的分泌物或者是血液，会提示有先兆流产的可能，这种可以要进行保胎治疗。要去医院做腹部彩超或者是B超，减少辐射，不过不提倡做阴道彩超，最好是饮水，可以憋尿那种。抽血化验孕酮和HCG，如果两个值比较低，就要打针或者吃药进行保胎治疗。
这个往往考虑是怀孕以后内分泌性激素水平发生变化有很大的关系，那孕酮低就有可能会影响到孕囊的正常发育，严重的情况下还会导致胎停等一系列的不良后果。定期去医院做检查。
可能有先兆流产的迹象，可以做hcg的检查，和彩超的检查，观察血hcg数值翻倍的情况和孕酮的数值，和孕囊目前发育的状况，如果血hcg数值翻倍良好，孕酮数值比较低，需要卧床休息，避免走动。